Existem duas versões do Windows 95: "Full" e "Upgrade". A primeira é designada àqueles que desejam instalar o Windows 95 "do zero", enquanto a segunda é para aqueles que já possuem o Windows 3.x instalado em seu micro. Na prática a diferença é pouca: fica por conta de 2 discos a mais que a versão "Full" possui e que a upgrade não.
Apesar de existirem estas duas versões, a melhor maneira de se instalar o Windows 95 é "do zero", reformatando totalmente o disco rígido e instalado a versão "full". Isto garantirá que elementos incompatíveis simplesmente não existirão.
Após instalar o Windows 95, evite instalar e utilzar programas escritos para o Windows 3.1 ("aplicativos de 16 bits"). Quando um aplicativo escrito para o Windows 3.1 (como o Word 6, por exemplo) é executado no Windows 95, o sistema operacional entra em modo de compatibilidade, se transformando "por debaixo dos panos" em um Windows 3.11. Você ainda corre o risco de ganhar uma bruta dor de cabeça, pois a execução de aplicativos de 16 bits no Windows 95 é uma das maiores causas de erros intermitentes - em especial a Falha Geral de Proteção (GPF). Ou seja, instale no Windows 95 somente aplicativos escritos para Windows 95 ("aplicativos de 32 bits").
Devemos lembrar que para o Windows 95 reconhecer corretamente todos os periféricos de seu micro - em especial o kit multimídia e o fax/modem, maiores alvos de reclamações - eles deverão estar corretamente instalados. Não é preciso fazer muita mágica: o Windows 95 reconhece automaticamente periféricos Plug and Play. Periféricos que não sejam Plug and Play (placas de som mais antigas, por exemplo) deverão ser detectados através do Assistente para a Instalação de Novo Hardware, presente no Painel de Controle. Se o Windows 95 não reconhecer algum periférico, a culpa pode não ser do Windows 95, mas do periférico que talvez não esteja corretamente instalado. Em tempo: O Windows 95 não reconhece scanners e isto é absolutamente normal: scanners funcionam perfeitamente mesmo assim.
Na hora de escolher um driver para o seu periférico Plug and Play, escolha, se possível, um driver que acompanhe o próprio Windows 95 (através da opção "Driver Padrão Windows"). Isto diminuirá a chance de drivers incompatíveis com o Windows 95.
Os arquivos de configuração Config.sys e Autoexec.bat deverão ser os menores possíveis. Como o Windows 95 possui todo o suporte a periféricos, não é necessário carregar nenhum driver de periférico através desses arquivos, diferentemente do que ocorre no MS-DOS. Além disto, o Windows 95 carrega automaticamente os arquivos HIMEM.SYS, EMM386.EXE, IFSHLP.SYS e SETVER.EXE, sendo que não há qualquer necessidade de carregá-los através do Config.sys.
O MS-DOS que acompanha o Windows 95 é bastante peculiar: trata-se de um DOS especial para trabalhar no modo protegido, o que o torna muito mais rápido. Desta forma, é errado pensar que o comando XCOPY do MS-DOS é exatamente igual ao comando XCOPY do Windows 95. Enquanto os comandos do Windows 95 estão no diretório C:WINDOWSCOMMAND, quem fez um "upgrade" do Windows 3.1 para o Windows 95 diretamente, sem reformatar o disco rígido, ainda possuirá o diretório C:DOS. Evite utilizar os comandos deste diretório, pois são mais lentos que os comandos do diretório C:WINDOWSCOMMAND. Certifique-se que no comando PATH do Autoexec.bat o diretório C:WINDOWSCOMMAND esteja mais a esquerda do que o diretório C:DOS.
