Porém é falsa a afirmação de que o Windows 95 não precisa do MS-DOS. Ele utiliza uma nova versão do MS-DOS (chamaremos aqui de "MS-DOS 7") para o seu processo de boot e para algumas (poucas) subrotinas não existentes no núcleo do Windows 95.
O "MS-DOS 7", porém, não trabalha em modo real, mas sim no modo virtual 8086. Este modo de operação, presente no modo protegido dos atuais processadores, permite com que um processador 8086 com 1 MB seja "simulado" em memória. Várias sessões 8086 podem ser abertas simultaneamente, permitindo com que vários programas escritos para o modo real possam ser executados ao mesmo tempo. Há também uma grande vantagem no modo virtual 8086: a área de memória da sessão virtual 8086 é isolada do restante da memória; é protegida. Isto evita que programas desastrados a sobreponham sem querer.
Por que a Microsoft simplesmente não fez o Windows 95 totalmente em modo protegido? Compatibilidade. Medo de que algum programa escrito para MS-DOS não "rodasse" no Windows 95. Se você der boot somente com o prompt do Windows 95 (pressionando a tecla [F8] quando aparecer a mensagem "Iniciando Windows 95..."), você terá carregado em seu micro uma nova versão do MS-DOS.
Pelo mesmo motivo, o arquivo que contém o código de carregamento do sistema operacional possui o mesmo nome: IO.SYS. É neste arquivo que o "MS-DOS 7" está armazenado. Este é o primeiro arquivo a ser carregado durante o boot do Windows 95.
No MS-DOS, o segundo arquivo a ser carregado era o MSDOS.SYS. O "MS-DOS 7" está totalmente dentro do arquivo IO.SYS, de forma que concluímos que o MSDOS.SYS não é necessário para o Windows 95. No entanto, alguns programas antigos escritos para MS-DOS poderiam verificar a presença deste arquivo no diretório raiz do primeiro disco rígido, podendo acusar uma mensagem de erro. Para isto não acontecer, a Microsoft criou um arquivo MSDOS.SYS "fantasma" que fica armazenado no diretório raiz do disco rígido com Windows 95. Para não desperdiçar espaço com um arquivo "fantasma", o MSDOS.SYS passou a ser um arquivo de configuração do Windows 95. Podemos editá-lo da mesma forma que editamos um Config.sys ou Autoexec.bat.
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Figura 1: MSDOS.SYS: Apenas um arquivo de configuração do Windows 95
Seqüência de boot do Windows 95:
- Bootstrap (Setor de boot do disco rígido) carrega e executa IO.SYS
- É feita a leitura da configuração contida em MSDOS.SYS
- Config.sys é lido e executado, caso exista
- Se existir o arquivo Autoexec.bat, o COMMAND.COM é executado de modo que os comandos do AUTOEXEC consigam ser executados
- Autoexec.bat é lido e executado, caso exista. Caso não exista, uma vantagem: o COMMAND.COM não é executado (desde que você também não tenha escolhido a opção "somente prompt" durante o boot).
- WIN.COM é executado. Este arquivo é um mero "chamador" do Windows 95. Caso você tenha dado boot com a opção "somente prompt", o processo de boot termina no passo anterior.
- WINSTART.BAT é lido e executado.
- VMM32.VXD é executado. Este é um dos arquivos mais importantes do Windows 95, pois é o Gerenciador de Máquinas Virtuais. Neste momento o processador passa para o modo protegido.
Daí por diante, a carga do Windows 95 varia um pouco de sistema para sistema, sobretudo pelas configurações que estejam presentes no registro do Windows 95 e nos arquivos SYSTEM.INI e WIN.INI, responsáveis pela configurações básicas do sistema. | 
