No barramento PCI, a utilização de alguns recursos de hardware requer uma abordagem diferente daquela associada ao barramento ISA.
Primeiro, apenas 4 sinais de interrupção estão disponíveis nos slots (INTA#, INTB#, INTC# e INTD#). Com isso, o controlador PCI fica responsável por fazer a ligação elétrica conveniente entre a INT# escolhida pelo projetista da placa e a IRQ que será alocada pelo software de gerenciamento plug and play (BIOS e sistema operacional). Vale observar que as 4 interrupções são roteadas para cada um dos slots lógicos, sem que haja conflitos caso duas placas optem por usar o mesmo sinal. Inclusive, é conveniente que placas que usem apenas 1 sinal de interrupção utilizem a INTA#.
Segundo, as placas PCI admitem uma decodificação de endereços de I/O total, ou seja, de 32 bits (0 a FFFFFFFFh), contra 12 bits do ISA (0 a 3FFh). Isto permite que a BIOS e o sistema operacional tenham a flexibilidade de mapear dispositivos PCI sem que haja qualquer tipo de conflito com placas ISA.
Terceiro, a especificação PCI proíbe que se consuma canal de DMA por placas PCI. Quando alguma placa ISA exigir DMA, estando esta placa conectada a um slot ligado ao PCI por ponte PCI-ISA, é implementado um mecanismo especial para fazer transferências por DMA, que fica transparente para o software.
