Cara tem como fazer você conseguir copiar os arquivos do seu pendrive infectado.
1-coloque o pendrive infectado na maquina.
2-Vai em iniciar/executar/ e digite cmd.Vai abrir uma tela preta que se chama prompt de comando.
3-abra seu disco por la. Digite o nome desse disco (D,E,F,G,H entre outros),se você não souber qual é vai em meu computador e ve com qual letra abre o seu removivel.Digite a letra por exemplo E:.
4-Apos alguns instantes o cursor ira descer e ficar piscando.
5-Digite agora no prompt attrib /s /d -s -h
6- Espere um tempo e pode ir la abrir o seu pendrive. As pastas que estavam ocultas vai aparecer e o virus tambem, faça um backup dos seus arquivos, formate seu pendrive e rode o antivirus na maquina .
Espero que isso ajude galera.Se não funcionar me manda um email dizendo o que aconteceu que eu tenho otras maneiras de solucionar ou me adicionem ai no msn..
valeu até +