no caso do cooler com estilo "solo japonês" acho que o melhor seria passar pasta por cima cobrindo tudo e da um pequena raspada depois o famoso pingo.
falta agora responder qual tipo de polimento da base e a melhor. (plana comum, plana fosca, plana espelhada ou mesmo algumas mais arranhadas)
eu acho que a plana fosca deve ser a melhor. já que tem (se não me engano) mais atrito o que indica maior contato físico, logo mais calor e transferido.
se eu tiver certo, muita gente vai ter que tiram dissipadores do lugar para fazer outro tipo de acabamento da base.
PS: so lembrando que uma empresa fabricante de cooler já fez um base fosca plana e recomendou que não polissem para ficar espelha. ta em um artigo de testes daqui, mas não lembro qual é (e nem vou caçar )