O problema foi que você usou a mesma vairável L para linha e C para coluna em todos os FOR. Nos dois FOR que verifica se há repetição, eu coloquei outras variáveis como o l e o c.
Eu cologuei l minúsculo e c minúsculo, pois em c++ L é diferente de l e C é diferente de c. Mas você poderia usar x para linha ou y para coluna. Tanto faz. Vai dar certo do mesmo jeito. A única coisa que você nao poderia ter feita era ter usado L para linha e C para coluna em todos os FOR.
Entendeu?
#include <stdio.h>
#include <conio.h>
main()
{
int A[3][4], L=0, C=0, i=0, cont=0, aux=0;
int l,c;
printf("Digite os valores da matriz A[3x4]:\n");
for(L=0;L<3;L++)
{
for(C=0;C<4;C++)
{
scanf("%d", &A[L][C]);
}
}
printf("Valores da matriz digitada:\n");
for(L=0;L<3;L++)
{
for(C=0;C<4;C++)
{
printf("%3d", A[L][C]);
}
printf("\n");
}
for(L=0;L<3;L++)
{
for(C=0;C<4;C++)
{
aux = A[L][C];
for(l=0;l<3;l++)
{
for(c=0;c<4;c++)
{
if(A[l][c] == aux)
cont++;
}
}
printf("O numero %d ocorre %d vezes na matriz A!\n", aux, cont);
aux = 0;
cont= 0;
}
}
getch();
}