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Evandro

Notícias em tempo real sobre o folding@home - Blog do projeto

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Tópico destinado a notícias sobre o projeto Folding@Home.

Sejam elas boas ou ruins ^_^

Postagem aberta, por favor insiram o link para a notícia e uma breve descrição sobre o que ela trata, mas se puderem traduzir por completo (caso seja necessário) nós agradecemos. :D

 

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Obrigado Robadel

 

Pra ficar ligado em tudo que acontece com os clientes e servidores, fica de olho no Blog oficial:

http://folding.typepad.com/
 

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Da pra acompanhar tudo sempre que alguma coisa acontece (novas Wus, clientes, manutenção de servidores, etc). O Blog é do Diretor do Folding@Home em Stanford Prof. Vijay Pande.

Sempre que possível vou ficar de olho traduzir e postar aqui, quem quiser pode também, já que ajuda muita gente que tenha alguma dúvida em relação as novidades.

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Saiba como 'emprestar' seu computador para projetos científicos.

Computação voluntária aproveita tempo ocioso de máquinas domésticas.

Mesmo não tendo computador robusto ou banda larga, é possível ajudar.

Mesmo acreditando que seu PC não chega nem perto de ser tão rápido quanto deveria, saiba que ele pode, sim, ser considerado um supercomputador -- ou pelo menos parte disso. Essa é a proposta dos sistemas de computação distribuída, também conhecidos como computação voluntária, que utilizam a capacidade de milhares de máquinas ociosas espalhadas pelo mundo para processar grandes quantidades de informação. Ao “quebrar” pacotes de dados e enviá-los para diferentes usuários, é possível processá-los simultaneamente, reduzindo os custos e também o tempo gasto com estudos.

Apesar de alguns desses projetos para causas coletivas exigirem computadores robustos de grandes centros de pesquisa, a maioria deles se contenta com o que seu computador pessoal -- seja de casa ou do trabalho --- tem a oferecer. Assim, se você já fosse voluntário, poderia sair agora da frente do computador para tomar um lanche e voltar mais tarde com a sensação de ter contribuído para resolver uma grande questão da humanidade.

A computação voluntária é freqüentemente chamada de grid computing, mas este segundo termo é mais específico para o uso de capacidade ociosa dentro de organizações, e não de computadores pessoais. Por realizarem o processamento quando as máquinas dos voluntários estão ligadas, mas não em uso, essas iniciativas teoricamente não tornam os PCs mais lentos.

Quando combinada, a capacidade de processamento de computadores pessoais pode trazer resultados impressionantes. O projeto World Community Grid, por exemplo, já registrou mais de 1 milhão de computadores que realizaram, nos últimos quatro anos, o equivalente a 188 mil anos de processamento de dados em diversas áreas.

Voluntários dessa comunidade doam, a cada semana, o equivalente a 1,4 mil anos do tempo de suas máquinas para pesquisas sobre o combate ao câncer, à Aids e à dengue, além de análises relacionadas a um arroz mais nutritivo e ao dobramento de proteínas. Esse último assunto também é foco de outro grande projeto de computação voluntária, o Folding@home, com o qual a Universidade de Standford pretende entender o dobramento de proteínas e as doenças relacionadas ao assunto.

“Essa alternativa é mais eficaz que o uso de um supercomputador. Essas grandes máquinas têm geralmente 5 mil processadores, sendo que cada um deles é surpreendentemente mais lento do que os chips de computadores domésticos atuais. Além disso, a capacidade de supermáquinas é compartilhada entre diferentes projetos. Mesmo um supercomputador seria cerca de cem vezes mais lento do que o nosso sistema”, diz o Folding@home, que usa a capacidade de 350 mil processadores de voluntários.

A iniciativa distribui o processamento entre máquinas com sistemas operacionais Windows (contribuição de 219,1 mil processadores no total), Linux (32,9 mil) e Mac (15 mil), além de usar a capacidade de consoles Playstation 3 (62,9 mil) e das disco rígido Nvidia (13,5 mil) e ATI (4,5 mil). Os projetos de grid computing rodam em máquinas ociosas, desde que elas estejam ligadas.

Como escolher

Uma busca na internet traz muitos projetos de computação voluntária, de diferentes áreas. Além das alternativas já citadas, é possível contribuir com o LHC (Grande Colisor de Hádrons), com a previsão do clima, com pesquisas sobre estrelas de nêutrons, com a busca por inteligência extraterrestre, com estudos sobre malária, com a previsão de estruturas de proteínas e com a determinação de formas tridimensionais de proteínas, para citar alguns exemplos.

Antes de aderir a um desses projetos, é importante verificar o que eles exigem. O SETI@home, que busca inteligência extraterrestre, diz que voluntários de computadores “normais” (processador Pentium 4 de 2 GHz, por exemplo) devem rodar o programa pelo menos duas horas por semana. “Máquinas mais lentas também podem contribuir, mas precisam proporcionalmente de mais tempo”, diz. O Climate Prediction, por sua vez, busca participantes com qualquer tipo de acesso à internet, processador de 1,6 GHz, disco rígido com pelo menos 1 GB livre e memória RAM mínima de 256 MB.

Algumas iniciativas, como é o caso do Folding@home, aceitam usuários de máquinas com tipos muito diferentes de configuração. Assim, os voluntários podem escolher com quanto da capacidade de seus computadores querem contribuir.

Segundo Cezar Taurion, gerente de novas tecnologias aplicadas da IBM, não é interessante para os projetos de computação distribuída exigirem computadores potentes ou conexão rápida à internet. “Quanto maior a quantidade de voluntários, melhor, pois o objetivo é formar uma grande comunidade de colaboradores. Muitas demandas em relação ao hardware ou à velocidade de banda restringem a participação de pessoas interessadas”, afirmou o especialista ao G1.

Como a maioria dos usuários de computador pode contribuir, Taurion acredita que a afinidade com o tema do projeto seja o fator mais relevante na hora de fazer a escolha.

Segurança

Quando participa de um projeto de computação voluntária, o internauta deve baixar em seu computador um programa que permitirá a captura e envio dos dados, depois que eles tiverem sido processados. Por isso, antes da adesão, é importante ter certeza de que se trata de um projeto sério, ligado a instituições responsáveis - caso contrário, pode acabar instalando um software não confiável em seu PC. Uma busca na internet e a leitura atenta das regras e políticas das iniciativas podem evitar que o usuário se associe a projetos que comprometam a segurança de sua máquina.

A plataforma de código aberto Boinc, utilizada em diversos projetos de computação voluntária, divulga em seu site a importância de os internautas confiarem nas iniciativas com as quais contribuem. Somente assim, eles poderão ter a certeza de que os programas baixados não invadem sua privacidade, não causam danos à máquina e não facilitam a ação de pessoas mal-intencionadas.

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Projeto LHC aceita contribuição de usuários domésticos e também de grandes centros de pesquisa. Foto mostra o centro de grid computing, na Suíça, que reunirá informações de 140 centros de computação, espalhados por 33 países. Objetivo é processar mais de 15 milhões de gigabytes de dados a cada ano. (Foto: AFP)

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Mapa mostra onde estão os voluntários do Folding@home. Projeto diz que colaboradores estão em 2.605 localidades diferentes, espalhadas por 94 países. (Foto: Divulgação )

Link: Com informações do G1.

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Bom, achei umas notícias meio antigas mas interessantes sobre o projeto:

Notícia 1 - Folding@Home no XBox 360 está sendo considerado pela Microsoft (13 de maio de 2007)

Resumo: Com o sucesso do PS3 na rede de computação distribuida do projeto Folding@Home, o poder "bruto" de processamento da rede mais que dobrou e isso foi (obviamente) uma ótima notícia para a Sony. Peter Moore, da MS, afirmou que há uma chance de o XBox 360 entrar na briga, confrontando o PS3 ao dizer que o equipamento da Microsoft tem "uma base de instalação muito maior" e que os processadores do mesmo têm "poder igual aos do PS3", e ainda disse que, apesar dos mais de 250.000 PS3 registrados no F@H, a MS "continuaria a observar e ver se o projeto tem real valor" (é mole? - Nota minha).

Link original (em inglês): http://www.engadget.com/2007/05/13/folding-home-on-xbox-360-under-consideration/

Notícia 2 - PS3 ajuda o Folding@Home a romper a barreira dos PetaFLOPS (20 de setembro de 2007)

Resumo: Graças ao Playstation 3, o projeto F@H da Universidade de Stanford rompeu a casa dos PetaFLOPS (ou seja, um quatrilhão de operações de ponto flutuante por segundo). O presidente da Sony disse que quando criaram o PS3, sabiam que seu grande poder de processamento poderia ser aproveitado de várias maneiras criativas, e traz muita felicidade ver o que os gamers de PS3 fizeram em tão pouco tempo. Afinal, sem os 600.000 PS3 rodando o cliente do F@H, esse feito demoraria muito mais para ser atingido.

Link original (em inglês): http://ps3.qj.net/Folding-Home-hits-the-Petaflop-milestone-thanks-to-PS3/pg/49/aid/102856

Notícia 3 - Folding@Home entra para o Guinness Book (31 de outubro de 2007)

Resumo: O projeto de computação distribuída Folding@Home foi reconhecido pelo Guinness World Records como a rede desse tipo de projetos mais poderosa do mundo. O CTO da Sony Corporation disse estar especialmente honrado em ver o PS3 tendo tão grande participação nesse projeto (aprox. 60% do poder "bruto" do projeto vem dos videogames, que já romperam a faixa dos 670.000 participantes).

Link original (em inglês): http://ps3.kombo.com/article.php?artid=5690

Abraços, e vamos continuar foldando!

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Não é bem sobre o projeto, mas é relacionada:

http://cienciaesaude.uol.com.br/ultnot/estado/2008/10/17/ult4513u1628.jhtm

Esse é um estudo que se beneficia do entendimento de como as proteínas e outras moléculas se comportam no espaço. ^_^

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Vi no Digg que um participante do fórum Overclock.net montou uma "fazenda de GPUs" exclusiva para o Folding@Home. São nada menos que 51 GPUs foldando! No link a seguir (em inglês) ele dá detalhes sobre as máquinas, além de fazer um breve resumo do projeto e do porquê de ele estar foldando. Link: http://www.overclock.net/overclock-net-folding-home-team/370859-nitteo-s-f-h-gpu2-farm.html

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Cliente PS3 com problemas, por hora não vão rodar nada.

Lerdeza no servidor de Status resolvida.

Parece que acharam um dos problemas na rede, e adicionaram mais servidores GPU.

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Recebi isso no boletim nTeresting da nVidia de 03/10/2008, mas só hoje me lembrei de postar aqui. Sei que é "propaganda pura" mas às vezes pode ter alguma informação interessante.

Folding Performance Unraveled

We ran an overclocking contest <http://total-oc.com/article.php?id=52> around Folding@Home with top Russian overclocking Web site, Total Overclock. The idea was to let people compete at Folding@Home using different oveclocked components - from Intel and AMD CPUs to AMD and NVIDIA GPUs - in different price categories using Total Overclock's F@H benchmark. What did they find out?

The most useful for computing and thus for mankind are NVIDIA GPUs. They showed a huge advantage over any competitors and GTX 280 set the new horizons of performance for math and physics computation!

Perhaps the first part loses a little in translation, but I think it is safe to say we are folding faster. Thanks to CUDA, GeForce means more than just faster frame rates now.

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http://folding.typepad.com/news/2008/11/culprit-found-in-nv-core-v-115-issues-for-certain-hardware.html

Acharam um problema que acontecia com certas placas da nVidia, atualizaram o programa mas tem mais coisa vindo, fiequem atentos.

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O próprio Mike Houston escreveu no fórum do Folding@home que, em seus testes, ainda não encontrou nenhum sistema com problemas usando a nova biblioteca do CAL presente no catalyst 8.12 da ATI. Ele diz que não quer passar para novas versões tão cedo ainda, mas tudo indica que o core otimizado virá logo logo.

Um novo core para ATI GPU2 já saiu, mas é necessário forçar a atualização do cliente folding, apagando ou renomeando o executável do core (FahCore_11.exe por exemplo) e depois abrindo o cliente para baixar a nova versão.

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E aí? Vai encarar?

Cidadão leva o nome "Folding@Home" a sério e cria monstro dobrador de moléculas com 27 placas de vídeo

Só pra ter uma ideia, segue um trecho da notícia: "...e não são 27 placas de vídeo quaisquer; são 23 nVidia GTX 295 e quatro outras, sem contar com um Playstation 3."

Para ver a notícia na íntegra clique aqui.

Abraços.

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"quem pode, pode; quem não pode, se sacode!"

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Saíram alguns artigos derivados do projeto, não sei se todos são abertos, mas alguns eu consegui baixar em casa:

"COMBINING MUTUAL INFORMATION WITH STRUCTURAL

ANALYSIS TO SCREEN FOR FUNCTIONALLY IMPORTANT

RESIDUES IN INFLUENZA HEMAGGLUTININ"

Algo como "Combinando informações mútuas com análises estruturais na busca pelos resíduos funcionais importantes de Hemaglutinina de Influenza"

Se eu bem me lembro, isso é pra entender o que é essencial para o vírus da gripe se ligar às células que ele infecta.

PDF

"The Predicted Structure of the Headpiece of the Huntingtin Protein and Its Implications on Huntingtin Aggregation "

"A estrutura predita da peça chave da proteína de Huntingtin e suas implicações na agregação de Huntingtin"

Tentando entender como esta doença ocorre.

Isso saiu na Journal of Molecular Biology, que é uma publicação de alto peso.

Link

"Structural Insight into RNA Hairpin Folding Intermediates"

"Melhorando a visão estrutural dos intermediários conformacionais do RNA Hairpin"

Não lembro exatamente pra que isso serve :D

Saiu no Journal of American Chemical Society, outro periódico de grande importância.

Link

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Com atraso mas..

Dois artigos recentes publicados pelo grupo:

http://folding.stanford.edu/English/Papers#ntoc1

Estudos prevendo o efeito de mutações em uma das proteínas responsáveis pela ligação do Vírus Influenza (gripe) às células.

http://folding.stanford.edu/English/Papers#ntoc2

Um geral sobre entropia e cinética na predição de estruturas (artigo de acesso livre)

--

Novos servidores encomendados devem chegar esta semana:

http://folding.typepad.com/news/2009/10/new-servers-coming-soon.html

Cada um terá 24 discos de 2 TiB (:eek::eek::eek:)

Mas ainda vão demorar um pouco para serem ajustados e testados.

--

Novos clientes e cores:

http://folding.typepad.com/news/2009/09/update-on-new-fah-cores-and-clients.html

SMP2: muito mais fpacil de usar, espera-se que saia em um mês se tudo correr bem.

Melhoria dos algoritmos NML pode aumentar significativamente o desempenho. Por hora será testado em novo Core.

GPU3: baseado em OpenMM, que usa o OpenCL como base e será bem interessante nas placas DirectX 11.

Nçao falou muito de prazo..

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Legal a atitude do rapaz que montou tal configuração....... mais legal ainda foi o qto desembolsou par tudo aquilo... :D

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:lol: Não sei se alquem viu mas olha me parece q vão ser feitas melhorias para placas ATI e outros cores

Atualização sobre novos núcleos FAH e clientes

25 de setembro de 2009

Atualização sobre novos núcleos FAH e clientes

Temos estado bastante ocupado com cores novas para FAH e eu queria dar uma actualização de doadores.

1) SMP2: Gromacs e Desmond. Muito esforço foi em nossa SMP2 "do projeto, o nome de código para o cliente de segunda geração do SMP. O objetivo principal foi o de tornar muito mais fácil de usar. A fim de fazer isso, isso significava livrar-se de nosso uso do MPI. Tivemos dois enfoques para isso. Ambos vala MPI utilizando as postagens em seu lugar. Um deles foi a mudança para um novo software para o núcleo. Isto levou à "Desmond"Núcleo, baseado em software da DE Shaw Research. A segunda abordagem era comunicar as questões MPI com a equipe de desenvolvedores Gromacs e trabalhar com elas para pressionar por uma aplicação baseada em tópicos Gromacs. Ambos estão indo bem e estamos testando núcleos de casa. Felizmente você deve ver estas cores "in the wild" (isto em execução no FAH) em um mês ou dois, considerando que os testes vão bem.

2) Modo Normal Langevin (NML) Dynamics no núcleo Protomol. Nós temos estado a trabalhar em uma outra abordagem dinâmica para acelerar muito, com base em uma nova técnica chamada Modo Normal Langevin (NML) dinâmica. Este método utiliza os modelos de mesmo estilo, como MD normal (campos mesma força, etc) e, portanto, deve ter a mesma precisão, mas com uma aceleração muito significativa devido aos avanços algorítmicos. NML são complementares aos nossos outros métodos, por isso estamos esperando adicioná-lo para tudo o resto (em especial para o núcleo da GPU). Para começar, vamos testá-la em um novo núcleo, com base no Protomol software. Protomol é projetado para permitir a prototipagem rápida de simulações moleculares, que é perfeito para NML.

3) GPU3: Próxima geração do core da GPU, com base na fonte do cliente. Temos vindo a fazer grandes avanços na simulação GPU, com os avanços chave entrar Fonte do cliente, A nossa biblioteca aberta para simulação molecular. Fonte do cliente começou com GPU2 nosso código como base, mas tem realmente floresceu desde então. Assim, temos reescrito nosso núcleo de GPU para usar fonte do cliente e nós temos vindo a testar, que recentemente também. Ele é projetado para ser totalmente compatível com versões anteriores, mas deve fazer simulações muito mais estável na GPU, bem como adicionar funcionalidades da nova ciência. A próxima etapa-chave para a fonte do cliente é OpenCL apoio, o que deverá permitir uma utilização mais eficiente das novas GPUs ATI e além.

Estou muito animado sobre estes novos avanços. Realmente deve fundamentalmente melhorar o software FAH-chave por trás da ciência, bem como tornar a experiência de doadores muito mais suave em nossos clientes mais experimental (ou seja, GPU e SMP).

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Estou aguardando ansiosamente pelo Gpu3 com a implementação do OpenCL pois assim teremos rendimento melhor com as Ati em folding. Só queria saber o prazo para quando ficará disponível.

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http://folding.typepad.com/news/2009/12/release-of-new-protomol-core-b4-wus-.html

Novo núcleo (Protomol B4) em fase final de testes (ou seja, podemos pegar um desses).

SMP2 a caminho.

"Como ele mesmo disse: 2010 deverá ser um ano muuuito interessante para o F@H, em vários sentidos."

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http://folding.typepad.com/news/2010/01/important-update-on-my-post-on-opencl.html

O Cliente GPU3 vai atrasar.. problemas com o OpenCL da ATI E da NVIDIA, assim como problemas por parte do F@H em si.

Ah, o cliente SMP2 será em OpenCL. :)

Três vivas ao software livre ! :D

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To esperando esses novos programas para ganhar mais pontos ainda, por enquanto ta sobrando cores nos 5 clientes que tenho instalado. A HD 5750 funciona com o folding? ouvi boatos que não...

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To esperando esses novos programas para ganhar mais pontos ainda, por enquanto ta sobrando cores nos 5 clientes que tenho instalado. A HD 5750 funciona com o folding? ouvi boatos que não...

Por hora o cliente GPU não é compatível com as HD 5**0. ;)

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e processador também tem suporte ao OpenCL? gostei :)

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