programas iguais com versões diferentes no mesmo disco

[fehcps]

tenho instalado o unity v4.3 no disco C:, mas por problema de compatibilidade com o PC da faculdade tenho que instalar o 4.1 que é o que tem la, então pensei em colocar no disco D:, mas se eu fizer isso eu vou ter as 2 versões, cada um com seu executável e registro ou vai dar conflito ou algo assim e só vou continuar com o 4.3 e a versão 4.1 ocupando espaço?