O que é Folding@Home e glossário de termos usados no F@H

[Evandro]

O projeto Folding@home (lê-se folding at rôme) é um projeto da universidade de Stanford que visa compreender como as proteínas se enovelam (fold, dobramento em inglês).

Tudo bem, e daí, porque isso é importante ?

As proteínas são polímeros (do grego poli = muito e mero = parte) compostos por muitos aminoácidos (uma molécula composta basicamente por um grupamento amino, um grupamento ácido carboxílico e um radical, que é variável) de fundamental importâcia para os seres vivos. Músculos, ossos, órgãos, pele, dentes, receptores, anticorpos.. muitas estruturas dos seres vivos são compostas por proteínas.

Os genes são sequências de DNA (sim, ele, o famoso) que codificam proteínas, são as informações lidas por uma enzima chamada RNA Polimerase.

A RNA polimerase lê as informações do DNA e as transcreve para uma fita de RNA (é o irmão do DNA), esta fita de RNA é lida por uma estrutura celular (uma espécie de órgão da celula) chamada Ribossomo.

O Ribossomo traduz as informações do RNA e "monta" uma cadeia de aminoácidos, e assim nasce uma proteína.

Essa figura mostra o porque desse processo ser aparentemente trabalhoso demais. O DNA não é lido pelo ribossomo, por isso o processo precisa de um "mediador".

Na figura aparece uma célula com núcleo (chamada célula eucariótica), no caso delas faz mais sentido ter um "mediador" pois o DNA fica protegido dentro do núcleo e precisa enviar as informações para os ribossomos e/ou outras organelas sintetizarem as moléculas que regulam e constituem as células. Nem todas elas são assim. (bactérias por exemplo não possuem núcleo, são células procarióticas)

Imagine o DNA com o diretor de uma fábrica, ele precisa passar as informações para os chefes de setor (RNA) e estes repassarem as informações para que os funcionários da linha de produção (ribossomo) fabriquem os produtos.

Mais aqui, em livros de biologia ou de bioquímica.

Legal, então agora temos a proteína ?

Não, ainda não.

A cadeia polipeptídica (cadeia de aminoácidos) que acabou de ser traduzida (é o nome do processo) do RNA nada mais é que um monte de aminoácidos, não tem função nenhuma pois a função de uma proteína é estritamente dependente de sua conformação espacial. Essa cadeia é chamada estrutura primária de uma proteína.

Para esta cadeia polipeptídica se tornar a proteína ela precisa organizar-se, adquirir uma conformação espacial muito específica onde cada um dos aminiácidos possui um papel importantíssimo no resultado final.

O processo de como esta estrutura primária vai se transformar na proteína, com sua estrutura tridimensional e função é chamado de folding ou enovelamento.

O folding não é um processo que ocorre aleatóriamente*, ele depende de vários fatores, inclusive da formação das ditas "estruturas secundárias", que são as alfa-hélices (espiral vermelha na figura acima) e fitas/folhas beta (setas azuis na figura acima), que são estruturas que dependem de quais aminoácidos constituem a cadeia polipeptídica e de como eles interagem entre si. A formação de várias estruturas secundárias resulta na estrutura terciária, que é a conformação final de muitas proteínas. Algumas delas ainda são compostas por mais de uma unidade de cadeia polipeptídica (a Hemoglobina do sangue por exemplo, é composta por 4 sub unidades), formando assim a estrutura quaternária.

Isso tudo, basicamente, são conformações mais estáveis que a inicial.

*Supondo uma cadeia de 100 aminoácidos, onde cada um poderia assumir (em média) 10 conformações diferentes, isso são 10100 conformações possíveis. Se ela tentar se enovelar aleatóriamente assumindo todas as conformações possíveis, e sabendo que o tempo de uma vibração molecular é de 10^-13 s, este processo levaria 1077 anos para que todas as combinações possíveis fossem tentadas. (100 aminoácidos é uma proteína pequena, existem muitas com 600, 1000 e até mais)

Detalhe, uma bactérica chamada E. coli leva 5 segundos pra traduzir e enovelar uma proteína de 100 aminiácidos. [1]

Algumas visualizações de estruturas secundárias e terciárias.

Embora muito se saiba sobre as razões das proteínas terem uma conformação X e não Y, pouco se sabe do como este processo se realiza, pois ele é muito rápido, além de não ser possível visualizar uma proteína em "tempo real" dentro das células, quem dirá uma cadeia de aminoácidos.

Mas como os computadores podem resolver essas questão ?

Já faz um tempo que existem pessoas (cientistas, empresas..) que dedicam-se a criar programas, algoritmos, métodos para calcular e/ou simular propriedades de elementos químicos e moléculas (energia total, conformações mais estáveis, pH, lipofilicidade, espectros UV, IV, RMN, metabolismo, toxicidade, interações.. bastante coisa), é um ramo da ciência com vários nomes e áreas, como Química Computacional, Biologia Computacional, Biofísica (não ela toda, mas como parte) e outros ramos que eu não me lembro, mas que adicionarei assim que lembrar, ou me lembrarem .

Um desses métodos chama-se Dinâmica Molecular. (Português - Inglês)

A Dinâmica Molecular consiste em uma simulação do comportamento de várias moléculas ao longo de um determinado espaço de tempo. Tipicamente, apesar de sistemas químicos serem regidos pela Física Quântica, a dificuldade de cálculo associado leva a aproximar o comportamento das mesmas para o esperado pela Mecânica Clássica ou Newtoniana (de forma mais clara: baseando-se na mecânica clássica, a dificuldade de cálculo cresce com o QUADRADO do número total de ÁTOMOS; baseando-se em mecânica quântica, a complexidade cresce com a QUARTA POTÊNCIA do número total de ELÉTRONS). Dessa forma, tipicamente emprega-se física clássica nessas simulações (exceção destacada bem adiante, apenas no caso do core QMD do F@H). Essas metodologias geram uma interface entre resultados obtidos em experimentos de laboratório com as teorias da Física, Química e Físico-Química que possui muitas aplicações no meio científico, basicamente por proporcionar uma visão microcópica dos fenômenos que somente pode ser inferida indiretamente no experimento. O projeto Folding@home utiliza-se de simulações de dinâmica molecular sob diferentes metodologias para estudar o folding de uma proteína.

[um Imenso obrigado ao johannersrs por este texto !]

Então os computadores resolvem tudo ?

Não.

Os computadores são uma forma bem mais rápida e fácil para a realização deste tipo de experimento, mas eles precisam "ser ensinados" e este conhecimento vem de dados experimentais.

Isso complementa os resultados do projeto ("a evidência não mente", Grisson, CSI) e é muito importante para se melhorar os algoritmos que fazem os cálculos do F@H.

Estes dados experimentais são obtidos por uma técnica chamada Ressoância Magnética Nuclear (RMN) que permite, até certo ponto, que se observe o comportamento dinâmico das proteínas e já foi utilizado pelo grupo, como pode ser visto aqui.

Não seria mais fácil se eles rodassem esses cálculos nos computadores deles ?

Talvez.

Na época que o professor Vijai S. Pande teve a ideia do projeto, em 1999, para simular 1 nanosegundo (um bilionésimo de segundo, ou 1 x 10^-9 segundo) de dinâmica molecular era necessário 1 dia (acreditem em mim, não é balela, pode levar até mais tempo dependendo das condições), e o folding completo de uma proteína ocorre, aproximadamente, entre 5 e 10 milisegundos. (1 milésimo de segundo, ou 1 x 10^-3 segundo), ou seja, levaria entre 5 e 10 mil dias pra terminar um cálculo, de 15 a 30 anos de cálculos ininterruptos.

[O símbolo 10^X significa 10 multiplicado por 10 X vezes, no caso de 10^-X significa 1 dividido pelo número resultante de 10 multiplicado por 10 X vezes]

NOTA: o tempo de cálculo é proporcional ao número de átomos do sistema em uma proporção quadrática. (se dobrar o número de átomos o tempo não será multiplicado por 2, mas sim multiplicado por ele mesmo)

Haja computador..

Então, ponderando isso e também os resultados de outros projetos @home, como o SETI@home e Genome@home o grupo do professor Pande decidiu criar novos algoritmos para que o folding também fosse feito com a abordagem da computação distribuída, que consiste na distribuição de pequenas simulações para vários computadores ao invés de uma grande simulação feita em um computador só.

Então porquê não usar um supercomputador ao invés de ter que contar com a disponibilidade de muitas pessoas ?

Primeiramente pelo custo, um supercomputador custaria milhões, bilhões de dólares, e o grupo não tem toda essa grana. Além disso nenhuma empresa de alma bondosa quis doar alguns bilhõesinhos para que eles montassem um supercomputador. Além do custo inicial há o consumo elétrico do computador e do sistema de refrigeração.

Segundo, os supercomputadores atuais são projetados para que haja uma intensa troca de dados entre os processadores, e no caso do folding isso não se faz necessário, pois os cálculos são, em sua essência, processamento "bruto".

Terceiro, muitos dos supercomputadores atuais não possuem vantagens (em termos de arquitetura) frente aos computadores domésticos, muitas vezes eles são até mais lentos (e quase sempre mais caros).

Isso porque muitos dos supercomputadores empregam AMD Opterons e Intel Xeons (sem esquecer dos que usam os Power e Cell da IBM, outros usam os UltraSpark da SUN) como processadores centrais, e eles possuem a mesma arquitetura dos AMD Athlon64, AMD Phenom, Intel Core 2 Duo/Quad que são utilizados na maioria dos computadores pessoais mais novos.

Quarto, os computadores pessoais são atualizados bem mais rapidamente que os supercomputadores (é bem mais fácil vender um PC doméstico do que 2 mil clusters desatualizados..), além do que, a imensa maioria dos computadores, quando ligados, não utilizam totalmente seu potencial pois estão ociosos (navegando na Internet, escrevendo um texto, baixando arquivos ou mesmo não fazendo nada, só está ligado).

Vamos usar como exemplo o maior supercomputador da atualidade, o Ruadrunner:

Encomendado em 2006 pelo departamento de Energia e Segurança Nuclear dos EUA para ser o maior supercomputador do mundo, custou cerca de 100 milhões de dólares e em seu primeiro teste rompeu a barreira do 1 petaFLOPS. (isso tudo para assegurar a segurança e confiabilidade do estoque de armas nucleares dos EUA..)

É composto por: 6562 AMD Opterons Dual Core (13124 núcleos), 12240 IBM Cell (97920 núcleos), 98 Terabytes de memória RAM, é abrigado em 278 racks do tamanho de uma geladeira, ocupa 5200 pés quadrados (aproximadamente 580 metros quadrados), usa 88 Km de cabos de fibra óptica, pesa 22700 Kg e consome 2.35 MW.

Singelo, não ?

1 petaFLOPS, o que é isso ?

São 1 x 10^15 operações de ponto flutuante por segundo.

FLOPS = FLoating Point Operations Per Second, ou operações de ponto flutuante por segundo. Trocando em miúdos, são operações matemáticas com números não inteiros, que são as operações matemáticas efetuadas pelos programas de dinâmica molecular.

Mais aqui. (em inglês)

Antes que você se pergunte, aqui vai uma tabela com quantos FLOPS outros processadores fazem.

Precisão simples @ 3.2GHz

Cell - 230 GFlops (obs: no PS3 uma PPE fica desativada, dando 204 GFlops)

K-7/K-8 - 12.8 GFlops

P-4 - 12.8 GFlops

Core 2 Solo - 25.6 GFlops

K-10 (1 núcleo) - 25.6 GFlops

HD 4870 (referência) - 1200 GFlops

Precisão dupla @ 3.2GHz

Cell - 14 GFlops

K-7/K-8 - 6.4 GFlops

P-4 - 6.4 GFlops

Core 2 Solo - 12.8 GFlops

K-10 (1 núcleo) - 12.8 GFlops

HD 4870 (referência) - 240 GFlops

Créditos para o EduardoS (obrigado por me ajudar com isso =))

(GFLOPS são GigaFLOPS, que consiste em [número] x 10^9 FLOPS)

Multiplicando-se um pouco podemos ver que para se atingir 1 petaFLOP nós precisaríamos de uns 10 mil Core 2 Quads operando a 3.2 GHz.

Mas se todo esse poder de processamento é necessário como o meu computador vai fazer diferença para o projeto ?

Sabe aquele velho ditado, "de grão em grão a galinha enche o papo" ?

Foi mais ou menos assim que o projeto evoluiu (gráfico com dados até maio de 2008), veja:

Com a divulgação do projeto, inicialmente na revista Science, uma das mais importantes publicações científicas do mundo, e posteriormente com vários laboratórios de pesquisa, sites, empresas, grupos criando times e estimulando seus integrantes, visitantes e funcionários a participarem o projeto alcançou proporções nunca antes vistas, quebrando a barreira dos 3 petaFLOPS, com mais de 325 mil processadores ativos no momento e 3 milhões participantes nos últimos dias.

E este número não para de crescer, pois cada dia mais pessoas se familirizam com o projeto e divulgam para amigos, familiares, em seu ambiente de trabalho, e os números vão crescendo.

É realmente impressionante !

Mas se o projeto já conta com tanta gente participando que diferença eu faço ?

Toda !

Quanto mais gente participar, mais doenças podem ser estudadas, os resultados são obtidos mais rapidamente e novas idéias podem ser postas em prática.

Como funciona o projeto ?

É bem simples, você precisa ter o programa (cliente) instalado em seu computador e nada mais, o resto ele faz automaticamente.

O cliente instalado em seu computador, quando iniciado, verifica se há alguma Work Unit (WU, unidade de trabalho) que já foi iniciada.

Se houver ele verifica se os arquivos estão íntegros, pois se não estiverem o cálculo é reiniciado (todo o trabalho é perdido..), se estiverem ele dá continuidade à simulação.

Se não houver nenhuma WU iniciada o "cliente" contacta os servidores de Stanford para baixar uma WU, é um arquivo bem pequeno contendo informações sobre o projeto, as coordenadas dos átomos, a identidade de cada um, com quem eles estão ligados, as condições de temperatura da simulação, propriedades do solvente e outras informações.

Cada WU requer um Core específico para realizar a simulação, se sua máquina não tiver o Core necessário instalado ele também é baixado dos servidores de Stanford.

Os Cores são os programas que de fato efetuam os cálculos. São vários deles para que as pessoas não precisem instalar vários grandes programas de dinâmica molecular em seus computadores, ocupando bastante espaço em disco, sendo também alguns desses programas pagos e nem sempre fáceis de se usar.

São os cores:

AMBER: baseado no pacote AMBER utiliza uma aproximação GB/SA, solvatação implícita, potenciais eletrostáticos em água pura ou com íons.

GROMACS: baseado no famoso programa GROMACS, um dos mais utilizados programas para cálculos de dinâmica molecular do mundo, tira proveito das instruções SSE e SSE2, efetua cálculos com solvatação explícita e é de 20 a 30 vezes mais rápido que o Core Tinker, inicialmente utilizado.

QMD: utiliza o programa CPMD para realizar os cálculos, utiliza algoritmos de mecânica quântica, que são mais precisos porém MUITO mais pesados.

Tinker: foi o primeiro core a ser utilizado, realiza alguns cálculos que o Core GROMACS ainda não faz como solvatação implícita, alguns campos de força e estudos de polarizabilidade. Está gradativamente sendo desativado à medida que o Core GROMACS evolui.

PS3: é um Core específico para quem possui um Playstation 3.

GPU: Core específico para quem possui placas de vídeo ATI Série HD e posteriorres, e nVidia série 8 e posteriores.

Existem subtipos de cores, sendo cada um específico para um tipo de simulação. Se você tiver curiosidade de saber o que é cada um deles por favor, pesquise aqui: GROMACS, AMBER, QMD).

Agradecimentos

EduardoS, johannesrs, Silver, _teco.

[1] Lehninger, Princípios de Bioquímica, quarta edição, 2005.

[Evandro]

Doenças estudadas

Mal de Alzheimer:

É uma doença neurodegenerativa causada principalmente pela agregação de pequenas proteínas chamadas peptídeos beta-amilóide.

Não se sabe exatamente o porque e nem o como ocorre esta agregação, assim como o que ela efetivamente causa, embora a doença seja intensamente estudada a algumas décadas pelo mundo.

O que se sabe é que, estas proteínas acumulam-se em algumas regiões do cérebro e acarretam disfunções nas sinapses (as extremidades dos neurônios, locais por onde eles se comunicam) de alguns tipos de neurônios (as células nervosas), principalmente os colinérgicos (que produzem o neurotransmissor Acetilcolina), atrapalhando a comunicação entre eles e, em estágios avançados da doença, deteriorando completamente estas interações e também os neurônios, levando a disfunção cognitiva (perda de memória recente e/ou antiga, comportamentos estranhos e em estágios finais, incontinência e apatia).

Os tratamentos aprovados até o momento, não atuam na causa da doença e sim tratam seus sintomas, aumentando a presença de alguns neurotransmissores (os sinais químicos usados pelos neurônios para se comunicarem) nas sinapses e consequentemente aumentando a intensidade da transmissão do sinal, contrabalanceando a redução que ocorre pela disfunção da sinapse.

A doença atinge principalmente idosos (1% dos idosos entre 65 e 70 anos, 6% aos 70, 30% aos 80 anos e mais de 60% depois dos 90 anos) sendo que o número de pacientes cresce a cada dia à medida que há a melhora da expectativa de vida da população mundial, tornando-a um grande problema de saúde pública mundial, com gastos estimados em mais de 350 bilhões de dólares mundial e anualmente para o tratamento dos pacientes.

Fatores genéticos, alguns tipos de Diabetes e Dislipidemia estão associados à doença, assim como especula-se que alguns fatores ambientais também estejam.

http://www.alzheimermed.com.br/

Mal de Huntington:

Doença neurodegenerativa hereditária causada pela agregação de proteínas, também sem cura até o momento cujo tratamento existente atua nos sintomas da doença e não em sua causa. O mal de Huntington diminui lentamente a coordenação motora do paciente, afetando seus movimentos como andar, falar, engolir, causando também esquecimento, depressão, movimentos involuntários e perda de memória recente.

O mal de Huntington pode afetar crianças (que raramente chegam a vida adulta) e geralmente incide em adultos entre 30 e 50 anos de idade, de ambos os sexos e todas as raças, e todos os portadores do gene da doença vão desenvolvê-la, só não se consegue prever, ainda, quando isso ocorrerá.

A Incidência da doença é de 1 em cada 10 mil Norteamericanos, semelhante à da hemofilia, fibrose cística e distrofia muscular, felizmente, não muito alta, mas esta causa muito sofrimento ao paciente e à família, assim como qualquer doença neurodegenerativa. A sobrevida após os primeiros sintomas aparecerem é de 10 a 20 anos, e quanto mais cedo ela se manifesta, menor é este tempo.

http://www.hdsa.org/about/our-mission/what-is-hd.html

Câncer:

O câncer é uma das maiores causas de morte ao redor do mundo, uma doença de certa forma estigmatizada pelo sofrimento que traz e que causa grande temor a muitas pessoas.

Ele pode ser causado por diversos fatores (por isso, muitos cientistas acreditam que a cura total do câncer é algo impossível de se obter), ocorrendo quando uma célula geralmente perde a sua função (deixa de ser um neurônio, uma célula muscular, uma célula do sangue..) e passa a reproduzir-se descontroladamente, criando um tumor, afetando a morfologia do local onde está, afetando a função daquele órgão e também com capacidade de espalhar-se pelo corpo e criar outros tumores (processo chamado metástase).

Embora existam diversas terapias empregadas no tratamento do câncer, elas não são efetivas contra todos os tipos de tumores existentes, além de causarem efeitos adversos severos e, em alguns casos, serem MUITO caras.

50% dos casos conhecidos de câncer possuem alguma relação com uma proteína chamada P53, também conhecida como guardiã da célula. Esta proteína, quando detecta algum dano irreparável ao DNA da célula, ativa o mecanismo que ordena que a célula morra (processo chamado apoptose, seria como a morte programada/controlada da célula, uma eutanásia). Se a P53 de alguma forma falhar esta célula danificada pode transformar-se em uma célula cancerosa.

As falhas acontecem por mutações nos genes que codificam a P53 e também por "missfold" que é quando a proteína não se enovela corretamente, não atingindo a conformação espacial correta e portanto, não desempenhando sua função. (e é neste ponto que o Folding entra)

Doença de Chagas:

Doença endêmica da América Latina, causada pelo protozoário parasita Trypanosoma cruzi e transmitida principalmente* pelas fezes do besouro barbeiro (que ele deixa de presente quando pica alguém). Na fase crônica da doença, o parasita se aloja no coração, fígado, intestinos e baço, causando inchaço destes órgãos que, ao longo de muitos anos (de 5 a 30), pode culminar em insuficiência cardíaca e disfunções digestivas. É mais uma doença que não possui cura até o momento e cujo tratamento medicamentoso (a solução para a insuficiência cardíaca é um transplante de coração, mas o novo órgão também será infectado e desenvolverá a doença com o tempo) não possui eficácia satisfatória, além de possuir vários efeitos adversos.

*a transmissão pode ocorrer por transfusão de sangue (e compartilhamento de seringas), pela placenta, pelo leite materno ou por via oral, além de ser especulado que ela possa ocorrer por relação sexual.

http://pt.wikipedia.org/wiki/Doen%C3%A7a_de_Chagas

Malária:

A malária é uma doença com alta incidência em países tropicais, onde estima-se causar de 300 a 500 milhões de infecções e ser responsável por 3 milhões de mortes anualmente. Ela é causada pelo protozoário parasita Plasmodium sp e geralmente* transmitida através da picada do mosquito Anopheles sp, primo do pernilongo (Culex) e do mosquito da dengue (Aedes aegypti).

O Plasmodium infecta as células do fígado e as vermelhas do sangue, as Hemácias, onde reproduz-se enquanto consome a hemoglobina da célula e, para que os parasitas sejam liberados, a célula se rompe (causando picos de febre intensa (acima de 40ºC)) e estes parasitas estão livres para infectar novas células, o que pode matar o indivíduo.

Existem estudos para o desenvolvimento de vacinas contra a malária mas, por enquanto, nenhum deles teve o uso aprovado. Existem fármacos usados no tratamento da doença mas muitas cepas de Plasmodium são resistentes a estes fármacos.

*também pode ser transmitida por sangue contaminado durante transfusões e compartilhamento de agulhas.

http://pt.wikipedia.org/wiki/Mal%C3%A1ria

Não há uma explicação mais detalhada sobre como o Folding pode ajudar no entendimento e tratamento da doença de Chagas e da Malária, mas assim como nos estudos feitos com o vírus da gripe pelo projeto, eles podem estar buscando um modo de impedir que o parasita entre nas células do hospedeiro.

Ainda sobre doença de Chagas e Malária, são duas doenças de países tropicais (pois os vetores transmissores das duas não se desenvolvem em regiões de clima mais frio) e consequentemente sub-desenvolvidos (em sua maioria), o que não é atrativo aos olhos (e bolsos) das indústrias farmacêuticas..

Mal de Parkinson:

Outra doença degenerativa, onde ocorre grande redução da produção do neurotransmissor Dopamina na região do cérebro chamada de Substância Negra, afetando principalmente os neurônios que controlam os movimentos voluntários (movimentos que você controla, como mexer o braço). Há uma perda neuronal normal durante o processo de envelhecimento, mas em algumas pessoas o processo é mais intenso e elas desenvolvem a doença, cuja causa ainda é desconhecida e que tem como sintomas tremores, lentidão e diminuição dos movimentos voluntários, rigidez e instabilidade postural. Estes sintomas não necessariamente implicam na existência da doença, mas a maioria dos casos onde eles aparecem são diagnosticados como mal de Parkinson.

A manifestação da doença se dá de forma lenta e progressiva, na maioria dos casos após os 60 anos (podem ocorrer casos com menores de 21 ou aos 40 anos de idade, como o do ator Michael J. Fox, mas são raros), afetando ambos os sexos e todas as raças.

O tratamento empregado atualmente não cura a doença, apenas trata os seus sintomas através da reposição da Dopamina (sim, de forma semelhante ao mal de Alzheimer) e o Folding@Home tenta entender o porque e como o misfonding de uma proteína chamada Sinucleína-Alfa está relacionado com a doença.

http://www.cadastro.abneuro.org/site/conteudo.asp?id_secao=31&id_conteudo=34&ds_secao=Perguntas%20e%20Respostas

Desenvolvimento de antibióticos:

Algumas classes de antibióticos atacam os ribossomos (organela que lê o RNA e sintetiza as proteínas) das bactérias (que são diferentes dos Ribossomos humanos, felizmente).

Saber-se como estes antibióticos afetam a estrutura 3D e o folding dos ribossomos pode ser muito interessante para o desenvolvimento de novos antibióticos, o que já gerou uma publicação em uma revista muito importante (PNAS) e uma apresentação em um simpósio.

Osteogenesis imperfeita:

A Osteogênese Imperfeita é uma doença genética que estima-se acometer 1 em cada 50000 bebês nascidos no Brasil (dados imprecisos). Ela é causada por uma mutação no gene que codifica uma proteína chamada colágeno (componente da gelatina), a proteína mais abundante no organismo (cerca de 30% do total), componente do tecido conjuntivo (o tecido que "junta" os outros), ossos, pele, músculos, articulações, tendões, vasos sanguíneos e órgãos.

A mutação no gene que colágeno leva a produção de uma proteína com estrutura diferente da normal, ocasionando má formação óssea, membros deformados e extremamente frágeis, sendo letal em muitos casos e afetando drasticamente a vida do portador da doença.

A forma como este colágeno mutante se enovela é o ponto estudado pelo Folding@Home.

http://www.oif.org/site/PageServer?pagename=AOI_Facts

Resultados obtidos

Até o momento (23/06/2011) foram 78 artigos científicos publicados nas mais importantes publicações do planeta. Sejam elas de ciência em geral, como as revistas Science ou Nature, como em revistas específicas como Journal of Molecular Biology, Bioinformatics, PNAS, Journal of Structural Biology e Journal of Chemical Physics.

Se deseja saber mais sobre cada um dos artigos por favor consulte o link abaixo.

http://folding.stanford.edu/English/Papers

[jaobutzke]

Evandro, Sugiro que destaque esse tópico na área do Folding@Home. qualquer coisa pode apagar este post..

[Evandro]

Achei que estivesse destacado, loira detected..

Valeu jao !

[Sambaquy]

Legal, agora sim, só falta trocar o link vinculado nas tabelas da assinatura, para essa explicação, acho que atrai mais do que ensinar como colocar a tabela na assinatura.

Ta vendo muito CSI Evandro, rsss (também vejo e adoro aqueles programas super poderosos que pegam uma imagem fuleira de câmera de vigilância e com alguns clicks aparece até a placa do carro e outras coisas nitidamente, ô mentirada).

[jaobutzke]

Uma Lista de vários termos que usamos aqui no fórum para os usuários Iniciantes

Siglas e Acrônimos mais usados:

F@H:

Folding @ Home

CdH:

Clube do Hardware

148894:

É o número/ID do nosso time. É sempre bom saber este número de cabeça quando configurando os Clients.

24/7:

Significa 24hs por dia e 7 dias por semana, o famoso "sem parar".

EOC e Kakao:

São sites de ranqueamento oficiais e cadastrados na Stanford, que disponibilizam as nossas estatísticas através de um ranking.

EOC

KAKAO

ETA:

Significa "Estimated time of arrival", ou seja, Tempo estimado de entrega/chegada.

EUE:

Um dos erros mais comuns nos Clients GPU, significa Early End Unit(Unidade terminada antes do prazo). Isso frequentemente acontece quando se tem um Overclock instável, ou quando a GPU tenha um estresse superior ao nível padrão. Para continuar foldando no Client GPU, sem que haja este erro, é recomendado você vá a pasta "Work" do Client GPU, e delete a WU que está dando erro. Lembre de reiniciar o Client apos esta alteração.

WU:

Significa Work Unit, ou seja, Unidade de Trabalho. São pacotes enviados pelos servidores da Stanford diretamente para o seu Client. Com a WU recebida, o Client pode começar a trabalhar, ou seja, foldar.

Flags ou Parameters:

São argumentos usados nos Clients para indicar e instruir o mesmo para efetuar uma função específica e, ou, dedicada. Lista dos Flags.

Semana HardFolding:

É uma semana pre-estabelecida, onde nós do time Clube do Hardware unimos todas as nossas forças para adquirir a melhor pontuação possível. Nesta semana a prioridade é fazer o maior número de pontos por dia.

HFM:

É um software que monitora qualquer Client do Folding@home. Tem uma interface limpa e diversificada. É um software estável e completo, mesmo ainda estando na versão beta.

FahMon:

Assim como o HFM.NET, o FahMon é um software desenvolvido para monitorar Clients Folding@home. É menos usados pelos membros devido à fraca qualidade do atendimento e suporte dos usuários, alem se ser um programa instável por vezes.

Passkey:

Passkey nada mais é do que um password(Senha), que é de uso compulsório em Clients SMP que estão configurados para Foldar as famosas bigWU(Work Units grande que possuem pontos de bonificação). O passkey também deve ser utilizado nos Clients GPU3, pois estes também processam bigWUs.

PPD:

Significa Points per day, ou seja, Pontos por dia. É um dos termos mais usados pelo pessoal, pois este é uma estimativa dos pontos que aquele Client irá fazer por dia. Os programas de monitoramento, tais como o HFM, fazem este calculo automaticamente e precisamente.

SMP:

Os Clientes SMP são Clients que foram desenvolvidos para processar WUs em processadores dotados de mais de um núcleo, tais como os Core 2 Duo, Core 2 Quad, i7's também dentre outros Processadores que possuam mais de um núcleo. Este Client irá estressar o seu processador ao máximo se for configurado para este fim, porém é o Client que irá fazer mais pontos. Ele foi desenvolvido especialmente para este fim, usar a tecnologia dos múltiplos núcleos do seu processador e assim concluir o processo da WU mais rapidamente. os Bônus das WUs só serão gerados depois da Décima WU do Core_A3 Enviada.

Cliente CPU:

É o Cliente básico para os Processadores que possuem apenas um núcleo. Ideal para CPUs mais antigos. Também conhecido como Single-core Client.

TPF:

Significa "Time per Frame", ou seja, Tempo por Frame. Frame é cada porcentagem completada pelo Client. Digamos que o seu Client completou 1% da WU, portanto TPF é o tempo que o Client levou para completar aquele 1% do processo.

Siglas e Acrônimos menos usados:

Core A3:

São bigWU, ou seja, são Work Units maiores que possuem pontos de bonificação. Você só ganha os pontos bonus se a WU for completada antes da deadline(Prazo limite de entrega).

-bigadv:

É um tipo de WU que requer um processador com um mínimo de 8 núcleos. (Somente nos processadores i7 no momento). Recomendado apenas para os i7 que estejam com Overclock acima de 3.8GHz, e este Client deve estar rodando por um mínimo de 20horas por dia.

Client:

Significa Cliente, ou seja, é o software que faz o processo das WUs no seu computador.

GPU2/GPU3:

Nome do Client designado para as GPUs(Graphics Processing Unit), ou seja, é o Client que roda as WUs na sua placa de vídeo. GPU2 é o Client para todas as placas de video. GPU3 é um Client desenvolvido especialmente para a arquitetura usada nas placas de vídeo FERMI da Nvidia.

Gromacs/ProtoMOL:

São pacotes de simulação de Moléculas Dinâmicas, que são usados pelos clientes do Folding@Home.

Proteína:

As proteínas são polímeros (do grego poli = muito e mero = parte) compostos por muitos aminoácidos (uma molécula é basicamente composta por um grupamento de amino, um grupamento de ácido carboxílico e um radical, que é variável), de fundamental importância para os seres vivos. Músculos, ossos, órgãos, pele, dentes, receptores e também os anticorpos. Muitas das estruturas dos seres-vivos são compostas por proteínas.

Stanford:

Universidade de Stanford, é a Universidade que abriga o Projeto Folding@Home. Stanford é uma das líderes mundiais no ramo de pesquisas.

-bigbeta

Parâmetro utilizado para pegar bigwu's que estão em fase beta de testes. Requer processador de no mínimo 8 núcleos.

Deixem Sugestões!

[cristianogro]

Parabéns pelo tópico, excelente ideia.

Mais um, se quiser adicionar.

-bigbeta

Parâmetro utilizado para pegar bigwu's que estão em fase beta de testes. Requer processador de no mínimo 8 núcleos.

[marcus72]

Muito boa ideia mesmo, Jão... Só 2 detalhes... Podia colocar o EOC e Kakao como link pros sites, já na página do CdH... E Acho que 'Unicore' fica parecendo plano de saúde..rs Acabamos sempre referindo como cliente CPU.. Então seria interessante colocá-lo antes do Cliente SMP...

[jaobutzke]

Vou arrumar quando chegar em casa de tarde, agora to indo estudar ahuauh

[alexBertani]

Parabéns, ótima iniciativa!

vai ajudar muito iniciante no folding!!! =]

[cristianogro]

Minha sugestão é que este tópico se transforme em tópico fixo.

Evandro o que acha?

[Sambaquy]

Fixo sim e apagando tudo que não for relacionado a perguntas e esclarecimentos sobre o assunto para facilitar a leitura dos iniciantes.

[jaobutzke]

valeu galera, Sugiro que deixem sugestões para ajudar no tópico, e Fixar ele é uma boa ideia (51) kk

[wadsonleite]

eu acho que deveria ter em algum lugar uma explicação de porque a assinatura demora a aparecer pros iniciantes e porque os pontos até a décima wu não tem bonus( ou citando isso).

faltou CdH.

acho que só, por enquanto..

[jaobutzke]

Na parte do cliente SMP explica isso, e o CdH já adicionei, sobre a assinatura isso não deve entrar na parte de Termos do Folding..

[NiloBJ]

Deixem Sugestões!

Frame.....

[jaobutzke]

Frame.....

Não achei uma tradução exata pra isso..

[Evandro]

Minha sugestão é que este tópico se transforme em tópico fixo.

Evandro o que acha?

Jão, deixe os nomes de quem ajudou a fazer o tópico, assim eu faço faxina das mensagens depois.

[jaobutzke]

Beleza, vou sempre tentar deixar o tópico em dia. hehe

[marcus72]

Frame.....

Frame eu traduziria como 'etapa' ou 'módulo' pra efeitos de F@H.. a tradução literal é moldura..

[jaobutzke]

Frame eu traduziria como 'etapa' ou 'módulo' pra efeitos de F@H.. a tradução literal é moldura..

Isso, eu tava procurando uma palavra que descrevesse isso em foldinês kkk vou botar no tópico na próxima atualização.

[Evandro]

Frame também pode ser quadro (FPS = Quadros por Segundo), mas onde é que aparece este termo no F@H ?

[jaobutzke]

Frame também pode ser quadro (FPS = Quadros por Segundo), mas onde é que aparece este termo no F@H ?

1 Frame Seria 1 porcento de cada wu, não?

[Evandro]

Não sei e acho que não, porque se fosse assim eles nem colocariam o termo na página de stats.

[jaobutzke]

Mais no HFM tem a expressão "Time per Frame"

*To saindo pra aula. quero terminar a tradução daquele troso ainda hoje