Folding@Home no Linux

NiloBJ · 1 de junho de 2011

Nilo uma dúvida, esse tuto que você postou, digamos que a máquina tá ligada e acabou reiniciando, nesse caso os checkpoints da WU sempre serão salvos no pendrive certo?

Sim, nos testes que fiz não perdi nenhuma WU.

Testei fechando o programa normalmente (fah.sh stop) e resetando no botão.

fernando1 · 1 de junho de 2011

Primeiros testes:

O tutorial funcionou perfeitamente, o Ubuntu reconheceu o RAID e acessei todos os meus arquivos sem problema.

Eu tinha a mesma dúvida que o Cristiano e isso é muito bom.

Agora só falta o principal, F@H.

Sambaquy · 1 de junho de 2011

La vou eu tirar o lacre do pendrive e testar, aproveitar que os servidores das bigs estão off, ou sei lá qual o problema, poderei testar em duas máquinas hehe.

Me perdi na linha de comando, aquela barra na vertical é pra digitar? Se sim quando aperto ALT + 124 que é o correspondente a ela no teclado aparece (argument 124), está correto isso?

Até que é simpático o Ubuntu, fiquei interessado, sei que o caminho é longo pra dominar, mas pelo visto vale a pena, se o tio Bil ainda não conseguiu exterminar ele é porque tem futuro e presente.

Gun'ss · 1 de junho de 2011

uma coisa, se alguém aqui no forum disse que acessando o ubuntu 11.04 pela interface clássica do gnome ele ganhou 1min no TPF.

EribertoTorres · 1 de junho de 2011

Gunss, agora voce tem que ensinar a gente a matar essa interface e colocar outra

Sambaquy · 1 de junho de 2011

Não deu certo aqui, diz que não acha o diretório ou arquivo, na hora de digitar os comandos, já resolvi o problema do "|" fiz o pendrive conforme o figurino.

O que significam esses comandos?

$ cp /media/cdrom/FAH6.34-Linux64-SMP.exe fah6 | chmod +x fah6

$ cp /media/cdrom/fah.sh fah.sh | chmod +x fah.sh

Aqui não tem cdrom, to mais perdido que turista brasileiro no Japão, Rússia e China.

fernando1 · 1 de junho de 2011

Poxa essa parte do tutorial eu não usei, pois como "montou" o meus hd's eu copiei direto do hd.

Mas cp é para copiar e chmod +x é para tornar o arquivo executável.

Experimente digitar cp /media/ e aperte a tecla tab que ele mostrará para você as opções que tem

EribertoTorres · 1 de junho de 2011

Não deu certo aqui, diz que não acha o diretório ou arquivo, na hora de digitar os comandos, já resolvi o problema do "|" fiz o pendrive conforme o figurino.
O que significam esses comandos?

$ cp /media/cdrom/FAH6.34-Linux64-SMP.exe fah6 | chmod +x fah6

$ cp /media/cdrom/fah.sh fah.sh | chmod +x fah.sh

Aqui não tem cdrom, to mais perdido que turista brasileiro no Japão, Rússia e China.

Sambaquy, perdido assim quem vai ficar é o marcus no final do ano, voce a gente pode guiar

vamos lá

cp é para copiar,

o caracter tubo | serve para encadenar dois comandos em uma mesma linha, esse comando também é usado no dos. Se voce nao quiser usar ele nao tem problema nesse caso, só terá que fazer o outro comando em uma outra linha

chmod +x quer dar atributo de executavel ao arquivo fah6. No linux voce pode dar atributo de executavel a qualquer arquivo (nao necessariamente funciona com todos, mas voce pode).

Esse arquivo fah.sh é um script do linux, como se fosse um bat no mundo linux, mas muito mais complexo e eficiente.

Sambaquy · 1 de junho de 2011

Ta, mas não consigo ter nenhum resultado com esses comandos, diz que a parada não existe e tal, acho que vou esperar o Nilo fazer um script com todos eles pra rodar automático, sei lá.

NiloBJ · 1 de junho de 2011

Não deu certo aqui, diz que não acha o diretório ou arquivo, na hora de digitar os comandos, já resolvi o problema do "|" fiz o pendrive conforme o figurino.
O que significam esses comandos?

$ cp /media/cdrom/FAH6.34-Linux64-SMP.exe fah6 | chmod +x fah6

$ cp /media/cdrom/fah.sh fah.sh | chmod +x fah.sh

Aqui não tem cdrom, to mais perdido que turista brasileiro no Japão, Rússia e China.

Tem um erro nos comandos que postei, faltou uma pasta.

Tenta essa sequencia...

cp /media/cdrom/fah/FAH6.34-Linux64-SMP.exe fah6

chmod +x fah6

cp /media/cdrom/fah/fah.sh .

chmod +x fah.sh

Desculpa ae.

Sambaquy · 1 de junho de 2011

Agora deve funcionar, pior que como copista nem me liguei da pasta fah, rss.

Funcionou só que o meu config tava pra pegar big WU e decorrente do problema do server não ta indo, tentei editar o config com o editor de texto, ele salva mas quando mando rodar o Fah aparece o parâmetro -smp repetido o -verbosity 9 repetido e uma vez só o -bigadv, reinicie a máquina pra ver se funciona. Parece ser bem rápido o bicho, to louco pra foldar no linux, rsss

To foldando, descobri um arquivo que tem as configurações dos parâmetros do folding além do config, deve funcionar tipo o atalho no windows com aqueles parâmetros adicionais, apaguei o -bigadv e beleza peguei uma wu 6964

Do seven para o ubuntu diminuiu ~8 segundos de TPF, mas o bom que liberou um HD e poderei liberar outros HDs, agora preciso saber como instalar e monitorar o andamento pelo HFM do windows nessas máquinas. Vou ver mais pra trás se acho algo.

Moleza monitorar pelo HFM, é só ir na pasta do UBUNTU onde está o F@H no caso a fah e compartilhar ela na rede, o próprio sistema pergunta se quer instalar um pacote de compartilhamento windows, só aceitar e reiniciar a sessão, ir de novo na pasta e escolher os atributos do compartilhamento.

O problema foi que no reinicio da sessão perdeu o andamento da WU e agora a WU que antes fazia poico menos de 2 minutos por frame está fazendo 5:20 minutos por frame !!

Whats happening? Será que o compartilhamento babou o esquema? broxei rss

Reinicie o Ubuntu e voltou a performance, o problema maior é que não guarda o chekpoint, quando ele tenta recuperar dá um "erro desconhecido" e começa do 0%, para as WUs normais até não acho muito grave, mas para as bigs sem chance de foldar, imagina faltar energia bem no final, babau mais de 24h de processamento.

cristianogro · 2 de junho de 2011

Será que o SliTaz Linux é 64 bits? Vi que é i486, é um Linux pequeno(30 mb) e com interface gráfica, pra folding seria interessante.

http://www.hardware.com.br/noticias/2011-05/slitaz-2.html

Gun'ss · 2 de junho de 2011

Será que o SliTaz Linux é 64 bits? Vi que é i486, é um Linux pequeno(30 mb) e com interface gráfica, pra folding seria interessante.
http://www.hardware.com.br/noticias/2011-05/slitaz-2.html

Se ele só tiver for feito para arquitetura i686 não vai rodar o SMP nem o cliente V7

EribertoTorres · 2 de junho de 2011

Acho que roda o v7 mas nao como smp e sim como single core.

NiloBJ · 2 de junho de 2011

Agora deve funcionar, pior que como copista nem me liguei da pasta fah, rss.
Funcionou só que o meu config tava pra pegar big WU e decorrente do problema do server não ta indo, tentei editar o config com o editor de texto, ele salva mas quando mando rodar o Fah aparece o parâmetro -smp repetido o -verbosity 9 repetido e uma vez só o -bigadv, reinicie a máquina pra ver se funciona. Parece ser bem rápido o bicho, to louco pra foldar no linux, rsss

To foldando, descobri um arquivo que tem as configurações dos parâmetros do folding além do config, deve funcionar tipo o atalho no windows com aqueles parâmetros adicionais, apaguei o -bigadv e beleza peguei uma wu 6964

Do seven para o ubuntu diminuiu ~8 segundos de TPF, mas o bom que liberou um HD e poderei liberar outros HDs, agora preciso saber como instalar e monitorar o andamento pelo HFM do windows nessas máquinas. Vou ver mais pra trás se acho algo.

Moleza monitorar pelo HFM, é só ir na pasta do UBUNTU onde está o F@H no caso a fah e compartilhar ela na rede, o próprio sistema pergunta se quer instalar um pacote de compartilhamento windows, só aceitar e reiniciar a sessão, ir de novo na pasta e escolher os atributos do compartilhamento.

O problema foi que no reinicio da sessão perdeu o andamento da WU e agora a WU que antes fazia poico menos de 2 minutos por frame está fazendo 5:20 minutos por frame !!

Whats happening? Será que o compartilhamento babou o esquema? broxei rss

Reinicie o Ubuntu e voltou a performance, o problema maior é que não guarda o chekpoint, quando ele tenta recuperar dá um "erro desconhecido" e começa do 0%, para as WUs normais até não acho muito grave, mas para as bigs sem chance de foldar, imagina faltar energia bem no final, babau mais de 24h de processamento.

Eu não uso os parametros no cliente.cfg, passo sempre pela linha de comando, se você colocou eles lá e no fah.sh já tem os parametros, pode ser essa a causa de repetir. Os parametros que são passados por linha de comando está no arquivo fah.sh, edite ele e procure pela linha "./fah6 -smp -bigadv &" e altere, caso ainda precise.

Samba ele guarda o checkpoint, com certeza. Uma coisa que pensei agora é: o pendrive não trabalha como um HD, ele tem um "delay" para gravar as informações, no windows tambem é assim por isso precisa mandar parar o dispositivo antes de retira-lo. Perdi uma WU sim, mas não dei importancia porque foi quando estava testando o pendrive pela 1a vez, ele mal apareceu o 0% e mandei parar com um CTRL+C, depois disso nunca mais perdi e foi pra mais de 10 paradas e com big mais da metade das vezes.

Faz mais um teste ae, quando estiver com uns 3% ou mais, tecle CTRL+C no console que está executando o fah, ele vai voltar para o prompt e aparecer Shutdown folding, "exit" para sair e mande reiniciar a maquina. Depois pode fazer um teste resetando a maquina direto e veja se perde tambem. Acho que só assim para saber se terá problema ou não de checkpoint. O pessoal já comentou aqui sobre esse esquema de perca de WU, eu perco sempre com VM, e tem gente que não, nunca perdi no linux nativo, e tem gente que perde, a coisa é meio "aleatoria".

Agora, se não sentir confiança e perder WU demais, realmente fica complicado processar big, concordo contigo.

Sambaquy · 2 de junho de 2011

Legal, não sabia dessa do CTRL+C, vou usar para processar as WUs pequenas, rende muito mais no Ubuntu, de repente faço um dual boot no HD pra facilitar a vida dele mas o objetivo era aniquilar os HDs, hehe.

EribertoTorres · 2 de junho de 2011

vocês nao conheciam o control+c? Nunca usaram DOS? rss.

Sambaquy, tenho uma solução mais elegante para voce, embora mais complicada.

Um servidor de Boot com a instalação do linux e na sua particao roda o folding.

O folding roda na máquina cliente mas armazena na máquina servidor. A máquina cliente nao teria HD

Sambaquy · 4 de junho de 2011

Pessoal, grave problema na versão pendrive do Ubuntu, eu todo animado que iria entregar mais de 90K na big WU e quando me deparo com a seguinte mensagem: Projeto terminado..gravando resultado no disco...erro ao gravar resultado no disco...os dados não podem ser gravados...puts lá se foi 1 dia e pouco de processamento, acho que é o espaço alocado no pendrive de 500MB apenas, vou criar outro com um espaço bem maior pois um pendrive de 4GB fica sobrando quase a metade, alguma luz?

To voltando para o Seven para aproveitar esse -bigbeta e não deixar a fazenda tanto tempo sem pontuar.

EribertoTorres · 4 de junho de 2011

Acho que de duas uma:

voce deixa o Linux correndo em uma vm, mas o Virtualbox parece que nao se dá bem com folding e é o único que pega os 12 cores,

ou,

Deixa instalado em Dual boot.

fernando1 · 4 de junho de 2011

Aqui acabei instalando o Ubuntu no HD, o rendimento está melhor, mas peguei uma 2684

O problema é que o computador que instalei usa rede wireless, está horrível, extremamente lento, cai toda hora, acho que o driver que tem disponível não funciona bem, pois no windows esse adaptador funciona sem problema nenhum.

Se eu tiver um tempo na segunda-feira vou tentar ver algo mais, por enquanto vou deixar assim pois agora não tenho tempo para testar mais nada.

EribertoTorres · 4 de junho de 2011

fernando, estranho isso, o Linux justamente tem melhor suporte para redes e inclui WiFi. Eu tenho uma TpLink que vai que é uma beleuza no Linux.

Se voce achar mais conveniente, embora um pouco mais caro, pode colocar um AP na funçao cliente e mandar a conexao por cabo de rede.

Se necessitar alguma ajuda, nao duvide em escrever-me uma epístola eletrônica.

fernando1 · 4 de junho de 2011

O problema é que não tenho como colocar cabo, pois esse fica fica em outro cômodo da casa.

Achei estranho que para baixar a WU demorou uma enternidade, achei que fosse problema de Stanford, mas depois vi que o problema é aqui, coloquei no HFM o diretório do linux e sempre perde a conexão, tenho que tirar o adaptador e colocá-lo novamente para voltar a rede, depois de pouco tempo cai novamente

Se eu não conseguir enviar essa WU vou ter que tirar o computador de lá e ligar aqui com cabo para não perder a WU

Edit.

Linux abortado no 980x que está com wireless, a rede cai toda hora vou tentar no SB agora.

NiloBJ · 4 de junho de 2011

Pessoal, grave problema na versão pendrive do Ubuntu, eu todo animado que iria entregar mais de 90K na big WU e quando me deparo com a seguinte mensagem: Projeto terminado..gravando resultado no disco...erro ao gravar resultado no disco...os dados não podem ser gravados...puts lá se foi 1 dia e pouco de processamento, acho que é o espaço alocado no pendrive de 500MB apenas, vou criar outro com um espaço bem maior pois um pendrive de 4GB fica sobrando quase a metade, alguma luz?
To voltando para o Seven para aproveitar esse -bigbeta e não deixar a fazenda tanto tempo sem pontuar.

Um Big precisa de +/- 100Mb para gravar no disco, o programa não consome nada, então 256Mb deve até sobrar.

Acho que você pode estar com problema de permissão.

Se quiser fazer um teste, abra o terminal e execute:

$ chmod -R 777 fah

Coloca uma smp para rodar que acaba mais rápido e veja se resolve.

Mesmo que não seja isso o seu problema, vou colocar na sequencia dos comandos da mensagem esse chmod, não atrapalha e pode ser que alguem precise.

EribertoTorres · 4 de junho de 2011

Bom, em geral rede wireless sofre um pouco com grandes arquivos, mas deveria funcionar.

Qual é a tua placa?

Gun'ss · 4 de junho de 2011

Aqui a eu baixo arquivos de 4GB + pela rede wireless e vai sem problemas. Claro, a velocidade é bem reduzida, cerca de 20% da velocidade do PC que esta ligado diretamente no modem, porém para o F@H isso basta, estranho.