Consegui resolver (rsrsrs), o codigo ficou assim, obrigado pela ajuda ALFRAD.
<?php
session_start();
//Incluir a conexao com BD
include_once("conexao.php");
//Receber os dados do formulário
//$arquivo = $_FILES['arquivo'];
//var_dump($arquivo);
$arquivo_tmp = $_FILES['arquivo']['tmp_name'];
//ler todo o arquivo para um array
$dados = file($arquivo_tmp);
//var_dump($dados);
foreach($dados as $linha){
$linha = trim($linha);
$valor = explode(',', $linha);
$data_vencto = substr($linha, 11,8);
$vcto = substr($data_vencto,0,4)."-".substr($data_vencto,4,2)."-".substr($data_vencto,6,2);
$data_pago = substr($linha, 20,8);
$pago = substr($data_pago,0,4)."-".substr($data_pago,4,2)."-".substr($data_pago,6,2);
$valor = substr($linha, 122,4);
$nbr_valor = $valor;
$parte_um = substr($nbr_valor, 0, 2);
$parte_dois = substr($nbr_valor, 2, 2);
$monta_valor = "$parte_um.$parte_dois";
$cpf = substr($linha, 256,11);
$parte_um = substr($cpf, 0, 3);
$parte_dois = substr($cpf, 3, 3);
$parte_tres = substr($cpf, 6, 3);
$parte_quatro = substr($cpf, 9, 2);
$monta_cpf = "$parte_um.$parte_dois.$parte_tres-$parte_quatro";
$result_usuario = "INSERT INTO gru_concurso (data_vencto, data_pago, valor, cpf) VALUES ('$vcto', '$pago', '$monta_valor', '$monta_cpf')";
//echo "SQL".$result_usuario;
$resultado_usuario = mysqli_query($conn, $result_usuario);
}
$_SESSION['msg'] = "<p style='color: green;'>Carregado os dados com sucesso!</p>";
header("Location: index.php");