Tive um questionamento parecido ontem e acabei chegando na sua postagem.
O SEFIP e o GRRF são executados com privilégio de administrador, já vi situações que criam um script para rodar como outro usuário com privilégios elevados, mas vamos se ater ao básico.
Na minha situação o SEFIP e o GRRF estavam sendo executados como Administrador, o usuário possuía este privilégio.
Logo todo e qualquer mapeamento criado sem elevado, não aparecia nestes programas, efetuei um teste com o WinSCP, executei ele sem elevar e apareceu os mapeamentos, executei-o elevando-o e pronto, os mapeamentos não apareciam.
Para resolver isto criei um registro DWORD chamada EnableLinkedConnections em HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARe\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\System, com o valor 1, reiniciei a VM e a partir dai funcionou.
Espero que a solução seja a mesma.