Cara, tu não acredita na solução ridiculamente simples que eu encontrei. Também não queria formatar e obviamente você não está desde 2009 esperando uma solução, mas talvez ajude a quem, assim como eu, chegar aqui com a mesma dúvida.
Eu tinha 2 windows em 2 hds diferentes e já tinha tentado até formatar, mas daí o pc não dava boot. A solução foi reinstalar o windows no segundo e ficar com 2 novamente pra não perder os arquivos salvos. Mas com o excluir o segundo Windows que eu não queria mais? Bom, eu abri a limpeza de disco, excluí o Windows.old que existia lá (limpando instalações anteriores do windows) e então recriei a pasta windows.old e joguei dentro dela todos os arquivos do segundo Windows que eu queria deletar, refiz o mesmo processo de limpar instalações anteriores do windows e pronto. Ridículo né? Mas funcionou. Deu boot no pc e tudo está certinho e limpinho.
Espero ter ajudado quem não é expert no assunto como eu