@Marcelo Calazans
Eu adaptei o código aqui e funcionou certinho, mas o site(https://www.urionlinejudge.com.br/judge/pt/problems/view/1061) que eu estou fazendo deu como errado, pois ele quer que tenha estruturas condicionais. Não sei porque disso, na minha opinião o importante é o código funcionar, mas fazer o que né kkk.
O meu código novo:
var dia_inicial = parseInt(prompt("Dia inicial"));
var hora_inicial = prompt("hora inicial");
var [horas, minutos, segundos] = hora_inicial.split(" : ").map(p => parseInt(p));
var dia_final = parseInt(prompt("Dia final"));
var hora_final = prompt("hora final");
var [hora_F, minuto_F, segundo_F] = hora_final.split(" : ").map(h => parseInt(h));
var data1 = new Date(0,0,dia_inicial,horas,minutos,segundos);
var data2 = new Date(0,0,dia_final,hora_F,minuto_F,segundo_F);
var dataF = (data2 - data1);
var diaF = Math.floor(dataF / 86400000);
var horasF = Math.floor((dataF % 86400000) / 3600000);
var minutosF = Math.round(((dataF % 86400000) % 3600000) / 60000);
var segundosF = Math.floor((dataF /1000) % 60);
console.log(diaF + " dia(s)");
console.log(horasF + " hora(s)");
console.log(minutosF + " minuto(s)");
console.log(segundosF + " segundo(s)");