Eu ainda não consegui resolver o problema, mas encontrei a causa, a prevenção e a possível solução.
No meu caso, tudo indica que a causa do problema, é o fato de eu deixar ele para atualizar automaticamente o sistema e os aplicativos, pela ordem ele atualiza primeiro os aplicativos e por último o sistema (vi relatos que se você não autorizar a atualização do sistema automaticamente, previne o problema).
Esse problema acontece porque na hora de baixar e instalar a atualização do sistema android, no momento da instalação, falta espaço para completar a instalação, por este motivo ele acaba perdendo o boot. A solução é regravar completamente o sistema (Fast Boot e sistema como de fábrica).
A solução que eu encontrei que funciona é utilizar um programa de Flash que regrave a EMMC do celular, chamado UFI Android Tool Box, porém ele é pago e eu ainda não encontrei um programa free para testar.
Existem vário programas EMMC UFI Free, mas eu ainda não tive tempo para baixar e testar eles.
Percebi também que o processo pode ser feito no Linux Ubuntu (pelo que me parece é apenas no Ubuntu, pois tentei fazer no Debian e não consegui), no Windows 7 e no Windows 10, eu ainda irei baixar uma ISO do Ubuntu para testar, por enquanto percebi que o processo é mais fácil de ser feito no Windows 10, porém se tem um maior controle do processo (com mais informações) no Windows 7.
O programa UFI Box utiliza um Dongle e resolve o problema, porém ele é pago, caro e tem que ser importado, quem se interessar, pode encontrar nesse site: http://www.gsmsources.net/
Se alguém puder contribuir, ajudando em alguma coisa seria bom, pois será que só comprando um Dongle para consertar?