Capitão!
Eu faço assim (quando extraio de DVD): baixo os VOB pro HD, renomeio pra *.mpg (geralmente meus DVDs estão com o áudio em LPCM então não tem stress com o AC3), importo pro Premiere, edito, e exporto com o codec da Main Concept. Agora detalhe: o DVD que "rippei" NÃO foi gerado com o codec da main concept, olhando as características do MPEG geralmente dá um codec da Microsoft. Então embora eu possa editar sem render, na hora de exportar pelo main concept ele reencoda. No teu caso, já q não foi capturado o video pelo Main Concept, imagino que você também esteja reencodando, certo? E até a edição sai tudo beleza, o resultado final (DVD no player) é que dá o problema, certo? Ou seja, vamos desconsiderar que seja problema na ordem dos fields (senão seria visível no premiere ou dando play no arquivo já renderizado no micro). Seguinte, pode ser problema do GOP (Group Of Pictures). Sou obrigado a dar uma de "chato professoral" e explicar o lance do MPEG, esse tópico pode ajudar mais alguém também né!
O MPEG é formado de grupos de imagens (GOPs) que salvam apenas as partes da imagem que mudam de um quadro para outro numa determinada extensão de quadros (geralmente 15). Como seria complicado fazer um único GOP pra todo o vídeo, existem vários GOPS de 15 quadros, geralmente intercalados pelo frame I, que é um frame independe dos outros (a informação dele é exclusiva, o frame anterior e o posterior não interferem). Essa informação é especialmente visível quando você quer fazer um cut ou inserir um chapter num programa de autoração como o TMPEG (ele não deixa inserir chapters em qualquer frame), justamente porque não dá pra "quebrar" um grupo de GOP a não ser que ele seja reencodado.
Chegando lá: se a tua saída final está reencodando o mpeg, pode estar saindo alguma coisa errada na estrutura do GOP que só vai ser visível na reprodução (como se ficassem resíduos da compactação do GOP nos frames I, que o player não consegue ler direiro e dá essa impressão de tremedeira porque ele "lê" a coisa toda meio errado). Sugestão: mexer nas configurações do GOP, fazer grupos menores. Nas opções no Main Concept, na aba Video Settings, estão as opções de GOP, por default 15 pros I frames e 3 pros P frames. Na teoria, quanto menor o valor pra I frames menor o tamanho de cada GOP (1 I frame a cada 15 frames). E tentar alguma coisa por aí pra ver se dá resultado. Na verdade o problema deve ser q ele reencoda os GOP com uma configuração diferente do encoder original. O ideal seria visualizar as caracteristicas do MPEG original do DVD (onde aparecesse o padrão dos GOP, frames I e P) e configurar do mesmo jeito.
Mas como falei antes, tô desconsiderando problema de fields. De repente posso estar dizendo bobagem...
Apêndice: se você está reeditando um DVD que você mesmo autorou, com o video encodado com o Main Concept, e as configs de exportação eram as mesmas, então na teoria não tem porque o Premiere reencodar de novo, porque é o mesmo encoder com as mesmas configs...aí nada do q falei serve =~
Ahhhh quando era edição de VCR pra VCR era tudo mais fácil!!!!!!
hehehe... um expert em After viria a calhar, curto muito After!
Abração