Bom a taxa de transferência de um pendrive, pode variar de acordo com a entrada USB mas é sempre algo em torno de 1.5 a 12 Megabits por segundo na USB 1.1 e a USB2.0 tem a sua velocidade de até
100 Megabists por segundo. Mas isto ainda não chega a ultrapassar a velocidade do HD que com rotação de 7400RPM tem sua taxa de transferência de 10 a 20 MegaBytes, ou seja aproximadamente 160Megabits por segundo. Não só pela velocidade do HD, mas principalmente pela segurança que ele guarda os dados é que o utilizamos para dar boot e guardar informações importantes. Além disso não é qualquer máquina que consegue dar boot pela porta USB e o Windows não possui configuração para ser instalado em um pendrive sem um outro sistema operacional dando suporte, que no caso poderia ser o proprio windows que estaria instalado no HD.
Os dados comprovam que o HD ainda é mais rápido, mas para confirmar, se a sua máquina der suporte ao
boot pela porta USB, tente instalar um SO em seu pendrive e testar a velocidade com que ele é executado e posta aí pra galera ter um ideia.
Espero ter ajudado!!!! :palmas: