Eu estive com o mesmo problema e consegui resolver, ao procurar a resposta achei este tópico no google indexado bem em cima das pesquisas então resolvi postar para casos posteriores em que procurem por esta solução.
Realmente, FAT32 somente se o arquivo tiver menos de 4GB. Para arquivos superiores a isso temos que formatar em NTFS.
Normalmente no linux não há problemas, mas no windows existem casos em que dando botão direito/formatar só aparece a opção FAT32.
Segue abaixo os passos para habilitar a opção NTFS:
1 - Abra meu computador
2 - Botão direito no pendrive / propriedades
3 - Na aba "hardware", selecione o seu pendrive e clique em propriedades
4 - Na aba "diretivas", selecione "otimizar para desempenho"
5 - Dê ok
Agora, a caixa de diálogo do botão direito/formatar deve mostrar NTFS como opção! ;D
Se você é aqueles que gosta de arrancar o pendrive sem dar "remover hardware com segurança" então depois de formatar recomendo desfazer esta alteração e colocar "otimizar para remoção rápida" novamente depois da formatação.
Espero ter ajudado!
Fontes:
http://en.wikipedia.org/wiki/Fat32#FAT32
http://www.kingston.com/support/USBFLASHDRIVES/faq/pcdt_30.asp