Sam Sann

Programas que não aparecem listados no "Desinstalar Programas" do windows tiveram seus registros deletados ou excluídos, você instalou o CCleaner e fez limpeza utilizando ele? Existe uma etapa do CCleaner aonde ele mostra os registros a serem excluídos, há uma grande chance de ter excluído esses registros:
 
Restauração do Sistema deve resolver, recomendo salvar a pasta "Games" dentro da sua Pasta "Documentos" e reinstalar o Steam e outros programas e jogos, quando ocorrer a reinstalação o próprio Instalador encontrará os arquivos dos jogos, assim dando a opção de desinstalar ou simplesmente reparar/alterar;
 
Não acho provável um erro entre o SSD e o HD já que o gerenciamento de todos os programas instalados é feito pelas chaves de Registro do Windows.

Dispositivos desconhecidos aparecem quando não instalados ou o driver não esta com bom funcionamento, 
 
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No Teclado segure -> Janela do Windows + Pause Break -> Gerenciador de Dispositivos ->   Veja se há algum driver com Exclamação Amarela, -> Pegue o Modelo do seu computador Baixe os Drivers Referente ao Chipset, instale e veja se funcionou;   Existe o caso de o dispositivo USB estar com mal funcionamento, então descreva exatamente a mensagem que aparece na sua tela, se possível poste uma Screenshot da mesma, sem essas informações fica impossível lhe ajudar,   Caso não tiver sucesso me Quote e coloque as especificações do seu computador Modelo, Windows, Versão 32bits ou 64bits   Att. Sam   =)