Primeiro cheque qual é o sistema de arquivos do seu HD externo. Se for NTFS provavelmente é essa a causa do problema, pois NTFS é um sistema de arquivos exclusivo do Windows. O sistema de arquivos ideal seria FAT, FAT32 ou mesmo exFAT, porém esses sistemas de arquivos não são ideais para armazenamento massivo de dados, não sendo úteis para uso em HDs externos. Se você pretende usar um sistema operacional no HD externo, provavelmente sempre vai enfrentar esse tipo de problema. Você pode tentar converter o sistema de arquivos para o mesmo tipo do seu pendrive, basta plugar seu HD externo no USB, abrir o Prompt de Comando e digitar: FORMAT *: /FS:SISTEMA_DE_ARQUIVOS /Q em seguida tecle ENTER.
ATENÇÃO: Usar esse comando fará com que todos os dados do HD externo sejam apagados (Se existirem).
PS: No comando, substitua * pelo volume que representa seu HD externo ex: F: , G: , H: .
ex: FORMAT F: /FS:FAT32 /Q