Estou com esse mesmo problema.
Mudei de HDD para SSD recentemente (há poucos dias) e fiz uma instalação do windows limpa no SSD, atualizei drivers etc.
Depois quando fui jogar CS num primeiro momento até achei que tinha algum problema com o mouse... mas percebi que era essas quedas de desempenho assim como você descreveu, onde os FPS continuam aparentemente altos mas ocorre alguns travamentos.
Hoje baixei mais um jogo(Borderlands) para comparação de desempenho no sistema que tinha no HD com o atual do SSD e pude notar que o desempenho neste não foi afetado. Então acredito que o problema seja só no CS:GO também.
Até tentei reinstalar os drivers da placa de vídeo, desinstalar e instalar a mesma versão levemente desatualizada que tinha no sistema do HD etc. mas não tive nenhum resultado positivo. Se coloco novamente o HD e rodo o CS por lá, o jogo continua fluido como antes, já aqui no SSD ocorre esses travamentos.
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EDIT:
Só pra acrescentar:
No HD e SSD rodo o CS com EXATAMENTE o mesmo setup de PC (Com exceção de um ser com HD e outro com SSD, claro), mesmo processador, memórias, tudo... inclusive atingindo as mesmas temperaturas.
Mesmo assim, é notável a diferença na fluidez do jogo, onde o rodado pelo sistema do HD parece "lisinho" enquanto o rodado pelo SSD tem esses travamentos comentados.