Boa Noite!
Obrigado pelas respostas.
César o computador que apresentava este problema era de um cliente, ele já levou o equipamento, mas eu testei o hd, enquanto estava com ele, usando o HD tune e ele não apresentou nenhum warning ou erro, também não tinha badblocks.
FAUSTOSITTA procurei por essa opção na bios, um amigo meu tinha me dito que podia ser alguma configuração de energia da placa mãe e até essa configuração do HD, mas não encontrei essas opções para fazer essas modificações na bios.
Depois deste computador apareceram mais dois com o mesmo problema, inclusive uma máquina com SSD e placa mãe gigabyte apresentando o mesmo sintoma, nessas outras não tentei fazer essas configurações.
Resumindo ainda não encontrei o motivo desses problemas, mesmo o hotfix disponibilizado pela microsoft não funciona.