Arm Outro

O que acontece é que a função pow() retorna um double, e como você está atribuindo para um int, acontece perda de dados.
Como funções que retornam double/float não são precisas, elas retornam valores como 10.0002, 2.999998. o tipo int só vai pegar a parte inteira.
 
Então você pode usar a função round, que arredonda para o valor mais próximo de um inteiro.
round(10.9999) = 11.0
round(2.0003) = 2.0
 
Só usar então: potencia=round( pow(cont,2) );

O erro está nessa parte C[i]=C[i-1]+0.5, como na primeira iteração do loop for a variável i = 0. Então onde está C[i-1] seria igual a C[-1] e índice negativo não existe, por isso o erro.
Você também não precisa de usar dois loops for, precisa de apenas um.
O tamanho dos arrays tem que ser 199, porque é de 0.5 a 0.5 e vão de 1 a 100.
#include <stdio.h>int main(){ float C[199]; float F[199]; int i; C[0]=1; F[0]=1.8*C[0]+32; for(i=1; i<199; i++){ C[i]= C[i-1]+0.5; F[i]=1.8*C[i]+32; } //imprime os valores for(i = 0; i < 199; i++) printf("\n%.2f | %.2f", C[i], F[i]); system("pause"); return 0;}

A função aumentar_estoque funciona corretamente, o erro está na function mostrar_estoque, nessa parte:
printf (" %2d - %20s - R$ %6.2f - %d\n", estoque[i].prod.codigo, estoque[i].prod.nome, estoque[i].prod.valor, estoque[i].qntd); Na parte ( estoque.qntd ) você está passando um índice incorreto, o que você tem que passar no índice é o código do produto, desse jeito:
estoque[catalogo[i].codigo].qntd