Cara, eu acredito que o Aero causa diferença no desempenho dos jogos sim... Até porque eu uso ele e quando abro um jogo, por exemplo o GTA San Andreas, o próprio Windows vai lá e desativa, depois ele ativa novamente quando eu fecho...
Amigo, tente fazer isso, acho que vai conseguir fazer com que o Windows identifique quando deve tirar e colocar o Aero com o jogo rodando:
Primeiro clique com o botão direito do mouse no atalho do jogo (ou programa) e selecione “Propriedades (Properties)”. Irá abrir uma janela como na foto abaixo. Em seguida clique na aba escrito “Compatibilidade (Compatibility)”. Agora marque a opção “Desativar composição da área de trabalho” (ou “Disable Desktop Composition“) e clique em “Ok”. Pronto, quando você iniciar o jogo novamente, o Aero será desabilitado automaticamente e o jogo não ficará mais tão lento.