Mano isso e tão simples, porque seu pendrive pode ta no formato de NTFS, e quando fica assim tem bios que reconhece o pendrive como hd, então você tem que procura na bios configuração sata ou algo parecido que tenha sata,provavelmente seu pendrive ta sendo reconhecido como o hd então,quando você achar você muda o hd para o pendrive, automaticamente ele vai coloca o pendrive como o primeiro a da boot, e seu hd aparece normal na hora da instalação.
A resposta fico bem vaga por que não lembro o nome direito do local a onde fica a abas satas, verifique em advanced geralmente fica la ou em boot mesmo.
Espero que tenha ajudado pelo menos a você ter a curiosidade de procurar e achar,faça isso que vai resolver seu problema deste já agradeço.
adicionado 3 minutos depois
Caso tenha duvidas formata seu pendrive para fat32, e veja se não ira aparecer na aba do boot.