Seja qual for a fonte consultada para afirmar isso, sinto dizer que ela está completamente equívocada!
Caso tenha sido o endereço raíz http://www.snes9x.com/; saiba que ele não é atualizado desde 2006, e não mantém filiação alguma com as pessoas que sucederam o projeto em http://www.snes9x.com/phpbb3/viewforum.php?f=8 (zones, BearOso e OV2).
Além disso, antes do longo hiato que durou até outubro de 2016, a última versão do Snes9x (1.53) foi lançada em 2011, e o desenvolvimento do emulador nunca de fato parou.
Depois da debandagem de vários colaboradores, trabalho em cima do Snes9x passou a ser significativamente menos intensivo, mas a página do github ao longo desses 5 anos sempre esteve em atividade plena, com adições de bugfixes, recursos novos e otimizações constantes.
É válido frisar que os autores originais do projeto nunca passaram oficialmente a "bandeira", portanto, não seria errado assumir que o Snes9x atual é um fork, um programa derivado baseado em cima do código fonte deixado pela equipe anterior.
Por questões mais de associação à marca que é mantido o nome Snes9x, afinal, 20 anos de história e lembranças têm bastante peso quando precisa-se dos holofotes pra divulgação.
A tendência na verdade é ficar mais lerdo A emulação desses novos componentes só adicionam mais ao código base, e ao contrário do que é comumente difundido, quanto mais fidelidade em emular o console, mais da sua CPU o emulador vai puxar.
Sem falar que Super Ghouls 'n Ghosts não faz uso de nenhum Chip especial, é impossível que o MSU-1, por exemplo, tenha acarretado em qualquer mudança na performance do título.
Provavelmente ou você deve ter um computador melhor agora, ou as simples melhoras no código da interface/compilador/plataforma feitas no Snes9x tornaram o programa mais eficiente.