Antes de começar, você precisa colocar o celular em modo avião e mudar no horário do celular para um anterior à mensagem — não pode ser o mesmo, nem dentro dos sete minutos de tolerância. Se você enviou a mensagem às 14h23, por exemplo, coloque o horário para 13h ou 14h que deve servir. Veja como fazer isso:
Android: Configurações > Sistema > Data e hora > Desative a opção "Data e hora automáticas" > Toque em Definir hora e escolha o horário;
iPhone: Ajustes > Geral > Data e Hora > Desmarque a opção "Automaticamente" > Toque no horário e escolha um anterior ao do envio da mensagem.
Agora, basta apagar a mensagem no WhatsApp.
Como apagar mensagens do WhatsApp
1 - Na conversa do WhatsApp, segure o dedo sobre a mensagem;
2 - Procure pela opção Apagar ou toque na lixeira;
3 - Toque em Apagar para todos;
4 - Tire o celular do modo avião e volte ao horário automático;
5 - Pronto! As mensagens foram apagadas.
Em meus testes, as mensagens com até 24 horas costumam ser apagadas, mas se passar mais de um dia é provável que o WhatsApp perceba o truque e não deixe que as mensagens somam para ambas as pessoas, apesar de terem sido apagadas localmente de qualquer forma.