@João Lucas Crippa Aqui no meu, está funcionando normalmente.
Mas pelo o que eu entendi, o problema de não salvar é falta de permissão. Quando mandamos executar em modo administrativo, ele ganha essa permissão. Mas não basta só o jogo, a Epic também precisa dessa permissão.
Aqui no meu, a Epic inicia automaticamente, se eu tento iniciar o jogo, ele nem abre. Eu preciso fechar por completo a Epic, inclusive o ícone alí ao lado do relógio e abrir o aplicativo novamente. Só assim o meu salva.
Talvez, no seu caso, quando você fez da primeira vez, ambos estavam com permissão e agora, caso a Epic inicie automaticamente quando liga o PC, ela fica sem permissão.
Testa isso de fechar a Epic por completo, reabrir a Epic e iniciar o jogo através da biblioteca no aplicativo e não pelo ícone do jogo na área de trabalho.