@Willian Klein Vou considerar alguns pontos.
Frequência
Ryzen 5 1600: 3,2 GHz (básica) e 3,6 GHz (max boost)
Ryzen 3 3100: 3,6 GHz (básica) e 3,9 GHz (max boost)
Cache
Ryzen 5 1600: 19 MB
Ryzen 3 3100: 18 MB
Frequência máxima dos módulos de RAM
Ryzen 5 1600: 2666 MHz
Ryzen 3 3100: 3200 MHz
Núcleos e threads
Ryzen 5 1600: 6 núcleos e 12 threads
Ryzen 3 3100: 4 núcleos e 8 threads
Arquitetura e litografia
Ryzen 5 1600: Zen, 14 nm
Ryzen 3 3100: Zen 2, 7 nm
A tendência da litografia é que, quanto menor ela fique, melhor ela seja.
ANÁLISE
Em frequência, o Ryzen 3 3100 é superior.
A diferença entre as frequências básicas é considerável.
Em cache, o Ryzen 5 1600 é superior. Bem pouco. 18 MB de cache é nada mau
Em frequência máxima dos módulos de RAM, o Ryzen 3 3100 é superior.
Isso não quer dizer que módulos de RAM de 3200 MHz são infinitamente melhores do que os de 2666 MHz. Mas, caso você queira módulos com uma frequência maior tal como 3000 MHz, o Ryzen 3 3100 é interessante.
Em núcleos e threads, eu não sei qual teria mais desempenho.
Mais núcleos e mais threads não necessariamente fará uma grande diferença. Um processador como o Ryzen 3 3100, que tem menos que o Ryzen 5 1600, pode ser melhor do que ele por outros fatores. Frequência costuma ser mais considerável do que número de núcleos e threads.
Em arquitetura e litografia, o Ryzen 3 3100 é superior.
Os processadores Ryzen estão divididos em gerações. O Ryzen 5 1600 é da primeira e o Ryzen 3 3100 é da terceira. Com o lançamento das novas gerações, houve avanços na arquitetura. A primeira geração tem a arquitetura Zen; a segunda, a Zen+; a terceira, a Zen 2. Atualmente, está em lançamento a Zen 3.
Uma arquitetura e uma litografia melhores podem fazer o processador trabalhar com mais eficiência.
CONCLUSÃO
Eu escolheria o Ryzen 3 3100 por tudo que ele oferece: frequência boa, arquitetura mais nova e litografia melhor (tende a trabalhar mais eficientemente), boa quantidade de núcleos e threads, boa quantidade de cache e suporte a frequências maiores de módulos de RAM.
FONTES
Você pode ver todas essas especificações no site oficial da AMD, a fabricante dos processadores Ryzen.
Especificações do Ryzen 5 1600
Especificações do Ryzen 3 3100