Vamos descartar esta hipotese então.
Então o slot PCI-E esta OK.
As chances não são grandes, pois no historico de atualização do BIOS desta placa não consta este tipo de melhora(compatibilidade de VGA)
Não tenho, levei em consideração a sua placa-mãe(imagens do UOL que você postou) em comparação com esta ECS, fisicamente e aparentemente são iguais, mas não tenho 100% de certeza que irá dar certo.
O Cooler dela que esta funcionando em 100%, pode ser devido a ela não estar sendo reconhecida.
Resumindo : Pelo gasto investido nesta VGA, a melhor solução é não mexer em nada(BIOS), comprar outra placa mãe, de preferência com outro Chipset(Recomendo o Intel P35) e Video Offboard, e tentar vender a sua ou até mesmo fazer um rolo com alguma peça do seu interesse.
Ps.. Megaware não é fabricante de peças de Hardware, eles compram e gravam seu nome na peça, tenho 99% de certeza que é uma placa ECS, mas não posso garantir.
Abraços,
Marcelo.