RedBeard,
Não entendi direito...mas acredito que eu não fui muito claro.
Acontece o seguinte: por exemplo, você tem um vídeo faz alguns cortes, nestes cortes vai aplicar uma transição. Teoricamente você não precisaria retirar uma parte deste video e colocar na trilha superior para o efeito da transição ocorrer direito, você simplesmente adiciona a transição no corte que você fez.
Porém o que está acontecendo é o seguinte, vou dar um exemplo pra ficar mais claro: vamos supor que foi aplicado uma transição onde o video A se torna uma esfera, já aparecendo o vídeo B de fundo, e aí esta esfera com o video A sai de cena deixando somente o video B. Muito bem, no meu caso o video A vira esta esfera, mostrando atrás o mesmo vídeo A, e somente quando o cursor do tempo passa exatamente onde foi feito o corte é que o video B aparece no fundo abruptamente e também na esfera que tinha o video A, ou seja a transição não ocorreu de maneira apropriada.
Não sei se agora eu consegui ser mais claro. É difícil explicar assim sem mostrar...
Vou tentar colocar uns print screen das telas...
Obrigado,
Márcio