Primeiramente, os HDs são SATA? Quase certeza que é conflito de driver Sata, se você instalar o windows com uma placa mãe Asus (por exemplo) e colocar o HD em uma placa ECS o windows não vai entrar, vai travar na tela em que ele está carregando (seja vista, 7, etc), dá conflito com o Windows, você pode usar esse HD na sua ECS desde que seja como dados, para o windows não, a não ser que você formate o HD e instale o Vista (ou 7) nele, ai ele vai entrar normalmente (mas se você tentar dar boot no vista com a placa mãe da Asus vai dar o mesmo erro)
Passei por isso ano passado, fui trocar uma placa mãe da Asus da minha namorada por uma ECS GF8200-A(só fui trocar a placa mãe) e travava na inicialização do windows, mas na Asus entrava normal, ai peguei outro HD, entrei no windows com o placa da Asus, fiz backup, ai coloquei a ECS, formatei o HD, instalei o Vista, e pronto, tudo funcionando normalmente (só que agora como eu instalei o windows usando a placa da ECS ele dá erro se eu tentar entrar no windows instalado nesse HD com a placa da Asus)
Aproveita que você está com 2 HDs, deixa um com o backup, ai monta todo o sistema (o seu novo sistema), formata apenas o HD que vai instalar o Vista (64 bits de preferência), veja se o vista instala sem problemas, mas antes vá no site da ECS e baixe os drivers Sata e deixe em um pendrive para atualizar os drivers durante a instalação do vista (os CDs da ECS costumam vir com drivers apenas do XP, não sei se a sua placa mãe é o caso), o seu HD de backup não precisa ser formatado, pois a diferença nos drivers sata atrapalha o windows, e como você não vai carregar o windows no HD de backup ele vai funcionar normalmente como HD secundário
Já aproveitando também, baixe antes o driver de rede, se o seu CD de drivers não tiver os drivers do Vista, você não vai conseguir entrar no internet para baixá-los (a não ser que você tenha outro PC), já que se você instalar no windows com a sua ECS ele não vai mais funcionar (o windows) com a sua placa mãe antiga
Se você quiser instalar o XP, acho que você terá que usar um diskete para instalar os drivers Sata (no começo da instalação você tem que apertar um botão que não me lembro qual é, para carregar o driver), geralmente no XP dá erro falando que não tem nenhuma unidade de armazenamento válida para a instalação, etc, no site da ECS também tem o arquivo para colocar no diskete, mas melhor ir logo de vista