Ola amigo,
para começar, estabeleça o uC que você deseja... caso você já seja experiente em termos de utilização do ambiente do PROTEUS, sem problemas, basta incluilo no projeto e fazer a configuração do clock pelas propriedades do componente e adcionar alimentação ao pino de MCLR caso seja um PIC, por exemplo.
Em seguida, desenvolva seu projeto no MikroC e depois compile-o, irá ser gerado um arquivo chamado: nome.hex ou nome.cof, onde o 'nome' é o nome do seu projeto. Logo após compilado você deverá adicionar esse código fonte ao seu componente, mas de que forma? Basta entrar nas propriedades do componente e procurar a propriedade PROGRAM FILE e direcionar para o endereço do seu código fonte compilado.
Pronto, aperte executar, se tudo estiver certo o PROTEUS executa na boa...