Pinhed

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A disposição dos terminais no "Chip" está correta foi projetada para tal, podemos chamar de uma "bagunça' organizada. X e Y são anodo e catodo da matrix.
 
Para identificar os terminais da matriz, por favor consulte o datasheet abaixo:
http://www.adafruit.com/datasheets/BL-M12A881.PDF
 
Datasheet da interface:
https://www.sparkfun.com/datasheets/Components/General/COM-09622-MAX7219-MAX7221.pdf
 
Sem entrar em méritos de programação, conexões, diagramas e outros métodos relacionados ao funcionamento com o Arduino, você pode consultar matérias já disponíveis na surface de "sites" de busca. 
 
Veja alguns ótimos exemplos:
http://playground.arduino.cc/Main/MAX72XXHardware
http://www.instructables.com/id/16x8-LED-dot-matrix-with-MAX7219-module/?lang=pt
 
Conteúdo em português:
http://www.arduinoecia.com.br/2014/04/Painel-de-led-max7219.html
http://labdegaragem.com/video/matriz-de-led-8x8-74hc595-e-arduino
http://www.arduinoecia.com.br/2013/08/modulo-matriz-de-leds-8x8.html
 
 
Recomendo ainda, alguns conceitos em eletrônica, há vários livros relacionado ao assunto e alguns sites também dão excelentes dicas :
https://www.clubedohardware.com.br/livros/esgotados/eletr%C3%B4nica-1%C2%AA-edi%C3%A7%C3%A3o-2011-r23/
http://www.burgoseletronica.net/animacoes/animacoes_index.html