Uma vez aconteceu isso comigo e era uma configuração na BIOS do HD SATA que estava em IDE mode e mudei para AHCI (ou o contrario, só quando chegar em casa posso checar) mas não entrava na BIOS direto, só não carregava o SO porque não "reconhecia" o HD.
Já outra quando usei Ubuntu junto com windows 7 e tive problemas com o formato da partição pois trabalgha com ext3 e do outro com NTFS, deu problema até para formatar... resolvi testar formatar com um cd do XP e acabei nem passando para o 7 novamente.
Ou pode ser problema no teclado, tanto o hardware (a tecla del pode estar pressionada e entrando na BIOS direto) ou o drive, pois o drive do teclado deve ser carregado antes do boot pelo que entendi nesse link: http://driverentry.com.br/blog/?p=217.
Cara, eu li em um dos tópicos do PHN que o ideal seria um suporte com um cooler embaixo da unica saída de ar que o note tem embaixo, checa se ele ventila bem a abertura ou faz o esquema de melhorar a rotação do cooler que tem no tópico.