isso nao é problema nenhum, na configuração original a placa-mãe controla a velocidade do cooler de acordo com a temperatura do processador, ou seja, quanto mais quente o processador tiver mais rápido gira o cooler e se ele chega a parar é porque ta resfriando tão bem que chega a desligar o cooler, mas tambem pode ser um problema no cooler, você pode descobrir se é um problema fazendo o seguinte: deixe o computador ligado sem fazere nada até que o coler começe a parar de vez enquando dai você roda algo bem pesado como um jogo por exemplo, se o cooler ficar parando apos uns 5 minutos de jogo é o computador começar a travar é porque ta com problema mesmo se o cooler girar continuamente durante o jogo e o pc nao travar ta tudo certo.