Se o batch estiver salvo no pendrive ele já abre com o caminho do pendrive, então usando o CD\ você já estaria na raiz do pendrive.
Se o batch estiver salvo no computador, pode ser usado o comando FOR para verificar as mídias removíveis do computador e pegar a letra correspondente à do pendrive, da seguinte forma:
FOR %%I in (C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z) DO ( IF EXIST %%I:\PendriveUpdate.txt SET PENDRIVE=%%I )
Esse código definiu a variável PENDRIVE com o valor da letra do pendrive, exemplo: G
Agora é só criar o arquivo PendriveUpdate.txt na raiz do pendrive para ele ser reconhecido com o pendrive do update. Desta forma é possível utilizar mais de um pendrive no computador e sempre será reconhecido o certo.
Qualquer coisa pode perguntar. Abraço!