Boa tarde,
Acredito que 100GB seja mais do que suficiente para a partição do sistema.
Eu particularmente utilizo 35GB para meu S.O. Apenas isntalo os sistema operacional + programas básicos que preciso (office,filezilla,msn,thunderbird,gimp,browser, etc).
Os programas mais pesados (vegas,acid,live,etc) e os jogos vão para a outra partição. Você pode escolher o diretório de destino dos programa no ato da instalação.
Conforme esclarecido nos posts anteriores, existem gerenciadores de hdd como o paragon partition manager, Gparted, entre outros.
Eles rodam de um CD(bootável) com GUI própria. É muito intuitivo e permite realizar várias operações como atualizar o MBR, reparticionar sem formatar (resize, merge), formatar, ocultar partiçoes, enfim..
Muito cuidado ao realizar estas operações, é muito importante saber o que se está fazendo para que não danifique seu sistema.
Lembrando que em caso de dúvida, faça valer o seu direito à garantia, qualquer operação feita pelo usuário que resulte em dano ao sistema é passível de perda de garantia!!