Se tu ainda consegue bootar o Computador no windows, faz algum teste pra verificar o SMART do HDD. A descrição do teu problema fede a HD bichado. De qualquer forma, faça o back up das tuas coisas o mais rápido possivel. E lembrando sempre a regra de ouro:
Se não está em dois lugares ao mesmo tempo, não é backup.
Agora que tiramos isso do caminho, use um dos programas q o Edgar sugeriu e faça um teste de integridade no seu HDD. E eu ainda incluo outro programa na lista.
http://ziggi.uol.com.br/downloads/hdd-regenerator
http://ziggi.uol.com.br/downloads/8146
http://ziggi.uol.com.br/downloads/crystaldiskinfo
E só pra desencargo de consciência, rode algum programa de manutenção geral, tipo o CCleaner e o Advanced Systemcare.
http://ziggi.uol.com.br/downloads/advanced-windowscare-personal-edition
http://ziggi.uol.com.br/downloads/ccleaner