Primeira dúvida:
Quase todos os programas (Que não são pesados) vão rodar com a HD Graphics 4600, incluido o CCleaner. Se você configurar no painel da Nvidia para o CCleaner rodar com a GTX 960M, é ela que irá aparecer.
Segunda dúvida:
Qual o uso do cpu e HD quando você está usando o Chrome/Firefox?
Terceira dúvida:
O SSD possui uma alta taxa de transferência podendo chegar a velocidades acima de 550 Mbps, fazendo que o sistema ligue mais rápido, faça leituras de arquivos mais rapidamente. Ou seja, talvez possa solucionar o problema de travadas, mas acho que não vem ao caso pois eu com um i7 4510u/8GB de Ram/HD de 5400RPM não tenho esse problema.
Outro ponto positivo do SSD é sua durabilidade, Como não possuem partes mecânicas, quedas acidentais ou vibrações não causam muitos danos, ao contrário dos HDs onde pequenos acidentes podem ser fatais para o disco magnético.