Tenho professores com uma boa experiência que confirmaram realmente a possível perda de dados. Não são apenas os bad blocks (clusters) que poderiam estar danificados, mas também a agulha do seu hdd estar sofrendo variações na hora de ler, alocar, reler e regravar dados.
A agulha de um HDD é um processo mecanico como o pessoal sabe. logo, ela NÃO tem precisão garantida e isso tende a piorar com o tempo na hora de gravar nos discos magnéticos. No seu caso, parece que ela já estava danificada, então você não deve continuar com ele para reescrever absolutamente nada, ou a perda de mais dados podem ocorrer.
Tudo isso porque a MS, como sempre, com o trabalho porco histórico, grava as informações na hora que você instala algo, por exemplo, da maneira mais rápida possível e não da maneira mais organizada e principalmente sequencial possível. Se fosse um Linux ou o BDS, você nem teria um software desses porque nem precisaria. Infelizmente é a realidade arcaica de certas coisas.
Sobre a sua solução, existem editores online que podem fazer isto por você, como citado acima. Nesse seu exemplo, parece ser relativamente fácil, apesar que nunca tentei. Conseguiu alguma coisa?