Atualizando a situação, meu PC desligou no fim da tarde e não liga mais. Tive que mandar para o concerto.
Será que era a fonte esse tempo todo (Aerocool Strike-X 500W 80 Bronze)?
Á propósito, antes do sistema desligar permanentemente gravei um vídeo exemplificando o problema do CPU throttling no emulador Dolphin. Olhem que bizarro:
Nesse vídeo estou usando o cooler box que instalei de volta. Realmente o problema não parece estar relacionado com cooler e super aquecimento.
Adicionando informações ao tópico, eis meu sistema completo:
AMD FX-8320 Black Edition @stock
Gigabyte GA-970a-D3
8GB DDR3 1600mhz
Nvidia Geforce GTX 760 2GB
Aerocool Strike-X Army Edition 500w 80 Bronze Plus
Windows 8.1 x64.
Quando arrumar eu posto aqui o motivo para ajudar o pessoal que passa pelo mesmo problema.