Olá amigos,
Tive um problema parecido com um computador de um cliente. Clonei o HD para um SSD com o MiniTool Partition Wizard, o método não funcionou no modo próprio de migrar OS.
Então fiz a cópia das partições, onde ele sai da plataforma do Windows e copia os arquivos do sistema, e mesmo assim não funcionou....
Foi quebrando a cabeça que percebi que pelo fato do HD estar já com um tempo de uso, algum arquivo poderia estar danificado. Observação: fiz um chkdsk antes da cópia, chequei os arquivos do sistema e fiz um backup de todo o processo, fora a cópia de um drive para o outro.
O que resolveu no meu caso, com o próprio Partition Wizard foi a função rebuild MBR. Ele cria todas aquelas pastas e arquivos do sistema para um modo que seja bootável.
Depois disso foi fazer toda uma verificação dos arquivos novamente, chkdsk novamente e atualizar Windows e Drivers.
Sei que tem um função pelo cmd também de rebuild. Mas o programa citado torna o processo mais prático.
Se não conseguir acessar o HD antigo, tem a opção de utilizar em pendrive o Hirens Boot.
No caso sempre deixo um pendrive de backup com os recursos instalados também.