Cara, tive o mesmo problema que você e resolvi usando o gdisk Mini Linux do Hiren's Boot...
Pra fazer atráves do Mini Linux do Hiren's Boot é o seguinte:
Clique em "Aplicativos". Selecione "Acessórios" e, em seguida, clique em "Terminal". Digite "sudo fdisk -l" (sem aspas).
Pressione "Enter" para verificar dispositivos de disco conectados ao computador. O dispositivo próximo a um asterisco é o que realiza a reinicialização. Anote o nome do arquivo (por exemplo, /dev/sda) atribuído ao disco.
Digite "sudo gdisk" no Terminal e, em seguida, pressione "Enter" para executar o gdisk como superusuário. Digite o nome atribuído ao dispositivo de reinicialização e pressione "Enter" novamente.
Pressione "r" seguido de "Enter" para alterar as opções de recuperação e transformações. Pressione "g" e, em seguida, "Enter" para selecionar a opção de conversão de GPT em MBR na plataforma Linux.
Pressione "w" e, em seguida, "Enter" para converter GPT em MBR nas partições primárias. Pressione "y" seguido de "Enter" para finalizar.
Depois é só sair de tudo e fazer a formatação normal..