Fala Isadora, obrigado por responder.
Bom, falando um pouco sobre o código, é bem antigo e está em C, mas foi escrito de uma forma não muito conveniente (tudo em um loop) com umas máquinas de estados jogadas para todo lado e sem nenhuma indicação. Fora o desabafo, indo realmente ao que interessa, vou listar algumas coisas que fiz ou tentei fazer. Lembrando que a IDE é o Keil (que na minha opinião é muito limitado, ou eu que não sou tão familiarizado com ele).
A primeira delas foi mudar na IDE o uC para qual estava sendo compilado. Após a inclusão do novo header, percebi que um registro utilizado para controle da eeprom não existia no novo uC (EECON), sei que não é boa prática, mas fui comentando todas as linhas em que o tal aparecia (kk). O código utiliza ele basicamente para liberar o acesso a memória em alguns momentos e gravar algumas flag's e informações. Bom, compilei, não funcionou. É como se o uC não estivesse colocado na placa.
Aparentemente o gerenciamento de memória é diferente no 89PL3240 (também encontrado com 64k de flash como 89PL6440). Tentei liberar o acesso a memória com o MEMCON mas não resultou em nada. Sempre o mesmo problema.
De forma básica foi isso até agora, não tenho grande experiência com esses caras, então pode ser que eu esteja deixando passar algo que seja básico, mas até agora não encontrei. Até agora não consegui definir se o uC está iniciando e travando o programa ou se nem iniciando está. Não sei se pode ser alguma configuração na IDE ou no momento de gravar (utilizo o Elnec PG4UW) .
Abraços!