Atualizando:
Após muito correr atrás, descobri que os arquivos deletados retornam à área de trabalho quando a resolução do monitor sofre uma alteração... Independente de pendrive ou não.
Então o que basicamente acontece:
1- Tenho um arquivo na área de trabalho e eu o deleto.
2- A resolução do meu monitor muda quando vou jogar um jogo pois gosto de jogar em uma resolução diferente da base.
3- Arquivo recém deletado volta para a área de trabalho, vazio, pesando 0 bytes sem seu conteúdo, dando erro ao abrir.
Eu tenho a teoria que seja um bug da nova versão 2004 do Windows 10. Formatei meu PC novamente ontem, passei SpyBot, MalwareBytes, Kaspersky Rescue Disk e fiz varredura normal do Kaspersky, nada encontrado.
Alguma alma se encontra com o mesmo problema e está usando o Windows com a nova build que lançou anti ontem?