Olha, acredito que este projeto, olhando rapidamente e com a pouca experiência que tenho no assunto, não tenha secundário. É um BUCK (aparentemente) e se esta dando problema no capacitor é que provavelmente a potência de operação está superior ao que o sistema aguenta (Não que supere o especificado, mas o que o sistema aguenta...). Aparentemente o capacitor esta descarregando rápido demais, gerando pulsos com correntes altas, fazendo com que um capacitor de baixa qualidade não aguente.
As soluções seriam, ao meu ver, o que o @F4b10 apresentou, colocando uma resistência na série, "controlando" a corrente quando o capacitor está vazio, pois é ali que ele irá sofrer mais.
Fontes capacitivas usam este sistema para proteger o capacitor no inicio da operação.
Se não é para consertar e somente apontar o problema, eu iria de Capacitor de Baixa qualidade + Falta de Sistema de amortecimento de partida.