Sinto que esteja passando por problemas. Quanto ao seu PC, ele vai ficar ótimo. Boa configuração e qualidade das peças. Só não esqueça de colocar pelo menos uma ventoínha de 120mm quando for montar o PC, porque, pelo que vi, seu gabinete não vem com nenhuma. De preferência coloque como exaustão na traseira, ao lado da placa-mãe. Se puder botar mais uma ou duas na frente puxando o ar de fora para dentro do gabinete, melhor ainda. Fazendo isso o sistema vai ficar muito mais frio. Se quiser evitar barulho, recomendo as de 3 pinos ou PWM para ligar na placa-mãe. Evite as molex ou outras que liguem direto na fonte.
Quanto ao upgrade para water cooler, creio que não será extremamente necessário. O 12400F costuma ser bem frio e ir bem com o cooler box. Se ficar quente mesmo assim, o amigo pode tentar um air cooler bom, algo como o ak400 ou H212 ou semelhantes. Se fizer muita questão do Water Cooler, recomendo buscar uma marca boa. Um de 120mm já deve atender bem seu processador, como um H55 ou H60x, mas se puder ir para um de 240mm, aí fica a seu critério.
Já o SSD eu recomendo muito que procure um NVMe. Vai ter muito ganho de desempenho sobre o SATA. É um upgrade prioritário.