Para atualizar e poder ajudar outras pessoas com o mesmo problema:
Tudo que estava no alcance de software e de BIOS foi realizada, todas possíveis e impossíveis (cuidado ao atualizar nesse caso a BIOS para a versão beta, pois será preciso dar um clear CMOS). Levei o computador em um técnico e todas as peças foram testadas em outra placa-mãe, e todas funcionaram perfeitamente, inclusive a memória RAM rodou em 3600 MHz. Outra 5600X foi testada na MAG B550M BAZOOKA e continuou com o mesmo problema, eliminando todas as peças, o diagnóstico foi que o problema era na placa-mãe, portanto acionei a garantia, e comprei outra placa-mãe nesse meio tempo (darei de presente essa quando voltar da garantia). Então, se caso montar o computador, e der o mesmo problema, tente acionar o arrependimento e solicite uma nova peça.
P.S: Tanto placa de vídeo quanto a placa-mãe compradas na black friday da kabum vieram com defeito ("prejuízo" de R$ 2300,00 sem contar o emocional que nesse período ficou abalado).
Completando: Se acessar o fórum da MSI outras pessoas relataram o mesmo problema, e tiveram a mesma solução (troca ou conserto da placa-mãe).