Pedroou

Só veja qual o i3 exatamente, para ver se há algum ganho significativo na troca.

Não.
Não.
Recomendo colocar 2x8 3200mhz.
Você pode ver os preço da 13ª geração. Talvez o próprio i5 13400F

Você pode trocar por um Ryzen 5 5600. Trocar as memórias para 3200mhz também é uma boa...

Ele é apertado: https://www.pichau.com.br/gabinete-gamer-tgt-jester-mid-tower-lateral-de-vidro-com-2-fans-preto-tgt-jsr-bkgf01?gclid=EAIaIQobChMIl9fPi-C__QIVNkNIAB115QapEAQYASABEgLCzvD_BwE
 
Suporta placa de vídeo até 200mm, a GTX 1650 que vi tem 196mm com o suporte. 
Um air cooler "pequeno" é o gammaxx AG400, que tem 150mm e o tamanho máximo do seu gabinete é 150mm. Vai ficar bem no limite em questão de tamanhos.

Vem 3 suportes, talvez tenha colocado o errado. No manual diz para é qual, se não me engano também vem 3 kits de pinos de apoio na placa-mãe também, veja qual o é o certo. Pois eles tem pequenas diferenças de tamanho.
https://pt.deepcool.com/products/Cooling/cpuaircoolers/GAMMAXX-AG400-Single-Tower-CPU-Cooler-1700-AM5/2022/15935.shtml
Lá em baixo na página clique em transferir, vai baixar o manual, na página 12 começa o guia para AMD.

Acho que se tem orçamento pode ir até uma RTX 3070. Pelo vídeos que vi ele leva tranquilo a RTX 3060 (mas posso ter visto errado).

Não é o ideial. Recomendo pegar uma A520M.

Não sei como colocar as chapas, mas talvez tenha que deslocar para baixo essas borrachas que ficam pra evitar brarulho de tripidação das fans. (Se bem que vendo agora, elas no lugar que estão talvez ainda fiquem apoiadas no dissipador).
Pode ver se alguma loja de informática se eles não tem alguma para 140mm sobrando.
Vi que tem essas presilhas nos sites da china, se quiser comprar uma nova, nem precisa furar a fan.

Parace ser um pouco superior em precisão e tempo de resposta.
No link que foi colocado acima, tem o tempo de reposta do click de 6.8 ms contra 5.0ms (deve ser alguma diferença no cabo ou conector), e parece que o sensor pouca coisa mais preciso e menos delay.

Pegaria a NZXT nesse caso.
A Fonte MSI MAG A550BN tem na Kabum que também é confiável. Se a ideia é diminuir orçamento, comprar as peças todas da mesma loja não faz muito sentido.
Kabum, terabyte e pichau são as maiores do setor.
Tem site PSU Tier list que lista as fontes por categorias de qualidade. A NZXT e MSI estão na mesma categoria.
https://cultists.network/140/psu-tier-list/
Você não precisa ir na opção de criar uma configuração personalizada (Terabyte, Pichau...), por que nessa aba ficam limitadas as opções. Você pode escolher peça por peça e simplesmente adicionar ao carrinho.

Recomendo a Corsair TX550M gold, ou a XPG Core Reactor 650W.
Se for usar configurações de vídeo mínimas, sim. Mas com configurações de vídeos melhores consegue manter um equilíbrio bom.

Gabinete com frente frechada, dificulta a circulação de ar.
Se quiser um air cooler sem led, gammaxx AG400.
Fonte recomendo a Corsair TX550M ou a XPG Core Reactor 650W.
Pode pegar memórias 3200, e pode pegar uma A520 se quiser diminuir o orçamento.
Trocar o gabinete por algum entrada de ar frontal, pode usar 2 fans na frente eu atrás/em cima. 
Gabinetes: https://www.pichau.com.br/gabinete-gamer-aigo-darkflash-aquarius-mesh-lateral-acrilico-preto
https://www.pichau.com.br/gabinete-gamer-mancer-goblin-lateral-de-vidro-com-1-fan-preto-mcr-gbn-bk01
https://www.pichau.com.br/gabinete-gamer-pichau-kazan-2-mid-tower-lateral-de-vidro-com-4-ventoinhas-preto-pg-kzn2-bl01 (esse já vem com 4 fans).

Suportar até suporta, mas melhor trocar logo que tiver condições.

NVMe ou SATA? NVMe eu uso o XPG SX6000 (tem 128gb, 256gb, 512gb...)

https://www.zoom.com.br/notebook/notebook-ASUS-x515jf-ej360w-intel-core-i5-1035g1-15-6-8gb-SSD-256-gb-windows-11-GeForce-mx130?_lc=88&searchterm=notebook esse tem uma placa de vídeo.

Essas fans só possuem cabo molex, ele não encaixa em nenhuma controladora.
Você liga a primeira na fonte, e depois liga um no outro (um molex ligado no outro). Não vai conectar na sua placa-mãe e nem em controladora. As fans vão ficar ligadas direto na fonte em rotação máxima.

Se ela possuir conector PCIe, sim. Essa tem, porém pode acabar limitando um pouco o desempenho por conta da versão do PCIe. Mas vai funcionar sem problemas.

A fonte, e se der +8gb ram.
Fontes: Cosair TX500M gold, MSI MAG A550BN, Xpg Pylon 550w, Silvestone VIVA 550.

As fans vão ligadas na fonte. A primeira faz você liga no cabo da fonte e as outras são conectas na própria fan (você conecta um molex no outro). Para a placa-mãe, precisa ver se sua placa tem o conector, caso tenha você precisa de uma controladora de fans. As fans vão ligadas na controladora, e a controladora vai com um cabo na fonte e um na placa-mãe (se ela tiver suporte, se não vai só na fonte).
Segue um tópico que pode ajudar a explicar: 
 

Como não falou o orçamento, vou dar algumas sugestões "sem limite" de valor
 
Processador pegue o 5500 se for usar a RTX 2060, se for colocar uma RTX 3060 pegue o 5600.
 
Fontes para o 5500 + RTX 2060: MSI MAG A550BN, Pylon 550W, Silvertone VIVA 550W.
Para o 5600 + RTX 3060: XPG Core Reactor 650W, Corsair TX550M 550W gold.
 
Ideal era pegar 2x8 3200mhz.
 
Não falou sem tem air cooler o water cooler, então recomendo: Gammaxx 400 v2, gammaxx AG400 (esse é melhor e tem com RGB se quiser pagar um pouco mais).

O novo completo, branco: https://www.kabum.com.br/produto/134027/headset-gamer-jbl-quantum-100-drivers-40mm-branco-28913225?gclid=EAIaIQobChMItKC36_zn_AIVGjSRCh2mUAJzEAQYAyABEgLbTfD_BwE
Preto: https://www.kabum.com.br/produto/113386/headset-gamer-jbl-quantum-100-drivers-40mm-preto-28913174?gclid=EAIaIQobChMItKC36_zn_AIVGjSRCh2mUAJzEAQYAiABEgLcn_D_BwE
No seu link (site da jbl), se selecionar a cor branca ele está por R$ 169,00. Não acho que vale comprar esse microfone paralelo. 

Sim, são compatíveis. 
Esqueci de mencionar, mas talvez seja necessária atualização da BIOS da placa-mãe.

De todas as fontes, a mais barata no mercado que recomendo é a Nidus 500W.
Se tiver um orçamento maior, segue outras opções: Corsair TX550M gold, MSI MAG A550BN, Pylon 550W, Silverstone VIVA 550w.
O gabinete pode até ser espaçoso, mas a frente é fechada e isso dificulta a circulação de ar. 
Recomendações de gabinete: 
https://www.terabyteshop.com.br/produto/16290/gabinete-gamer-silverstone-ps15-mini-tower-vidro-temperado-black-sem-fonte-com-3-fans-sst-ps15b-g
https://www.pichau.com.br/gabinete-gamer-aigo-darkflash-leo-preto-lateral-vidro
https://www.pichau.com.br/gabinete-gamer-aigo-darkflash-aquarius-mesh-lateral-acrilico-preto
Esse vem com fans: https://www.pichau.com.br/gabinete-gamer-aigo-darkflash-dk351-RGB-mid-tower-lateral-de-vidro-com-4-fans-preto-dk351-bk

A versão 500W também não é boa. Com vídeo integrado, a chance de problema é pequena, mas se ainda não comprou ela, procure uma melhor.
No momento, acredito que a mais barata que vai encontrar é Nidus 500W.

Você pode levar em alguma assistência e eles devem atualizar, a Pichau cobrava em torno de R$ 40,00, então acredito que em alguma loja deva ser um pouco mais. Como citado acima, a 12ª geração já vai atender, mas a diferença entre um i5 12400F para um i5 13400F é algo em torno de R$ 250,00 e o desempenho é superior.
Se possível eu manteria a 13ª geração, vai ter mais longevidade. 
Se o gabinete for vem ventilado, você pode alterar a curva de fans e dificilmente vai ter problemas de temperatura.
As placas hoje vem com uma função "quiet", que ligam as fans quando as placas atingem em torno de 50ºC. Mas isso como eu disse, pode mudar fazendo a curva de fans personalizada.